# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 SC Paderborn 07, Deutschland SC Paderborn 07 23 12 7 4 22:8 14 43
2 Kickers Emden, Deutschland Kickers Emden 23 11 8 4 16:5 11 41
3 1. FC Union Berlin, Deutschland 1. FC Union Berlin 23 10 10 3 15:6 9 40
4 SV Sandhausen, Deutschland SV Sandhausen 23 10 8 5 15:10 5 38
5 SpVgg Unterhaching, Deutschland SpVgg Unterhaching 23 9 8 6 18:13 5 35
6 Eintracht Braunschweig, Deutschland Eintracht Braunschweig 23 9 7 7 16:14 2 34
7 Rot-Weiß Erfurt, Deutschland Rot-Weiß Erfurt 23 7 11 5 14:9 5 32
8 Bayern München II, Deutschland Bayern München II 23 7 11 5 11:10 1 32
9 VfB Stuttgart II, Deutschland VfB Stuttgart II 23 8 7 8 17:12 5 31
10 Fortuna Düsseldorf, Deutschland Fortuna Düsseldorf 23 7 10 6 13:10 3 31
11 Werder Bremen II, Deutschland Werder Bremen II 23 5 14 4 14:16 -2 29
12 Kickers Offenbach, Deutschland Kickers Offenbach 23 5 10 8 8:11 -3 25
13 Wacker Burghausen, Deutschland Wacker Burghausen 23 5 10 8 12:16 -4 25
14 Erzgebirge Aue, Deutschland Erzgebirge Aue 23 5 10 8 11:16 -5 25
15 FC Carl Zeiss Jena, Deutschland FC Carl Zeiss Jena 23 5 9 9 8:19 -11 24
16 Stuttgarter Kickers, Deutschland Stuttgarter Kickers 23 3 14 6 14:18 -4 23
17 VfR Aalen, Deutschland VfR Aalen 23 3 13 7 6:13 -7 22
18 Dynamo Dresden, Deutschland Dynamo Dresden 23 3 12 8 11:17 -6 21
19 Wuppertaler SV, Deutschland Wuppertaler SV 23 3 12 8 9:16 -7 21
20 Jahn Regensburg, Deutschland Jahn Regensburg 23 3 9 11 5:16 -11 18
  Aufstieg
  Relegation
  Abstieg

# Den Stuttgarter Kickers wurden drei Punkte wegen eines nicht fristgerecht zurückgezahlten Darlehens aus dem DFB-Kautionsfond abgezogen.

# Kickers Emden hat die Lizenz für die Saison 2009/2010 zurückgezogen und steht somit als Absteiger fest. Infolgedessen hat Wacker Burghausen die Klasse gehalten.