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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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Holstein Kiel | 13 | 10 | 2 | 1 | 25:9 | 16 | 32 |
| 2 |
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Hallescher FC | 13 | 9 | 4 | 0 | 17:4 | 13 | 31 |
| 3 |
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Hannover 96 II | 12 | 7 | 2 | 3 | 20:9 | 11 | 23 |
| 4 |
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SV Babelsberg 03 | 13 | 5 | 7 | 1 | 13:8 | 5 | 22 |
| 5 |
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1. FC Magdeburg | 11 | 5 | 3 | 3 | 11:9 | 2 | 18 |
| 6 |
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Chemnitzer FC | 12 | 5 | 2 | 5 | 22:15 | 7 | 17 |
| 7 |
|
VfL Wolfsburg II | 12 | 4 | 4 | 4 | 17:11 | 6 | 16 |
| 8 |
|
Hamburger SV II | 13 | 4 | 1 | 8 | 16:18 | -2 | 13 |
| 9 |
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FC Oberneuland | 12 | 3 | 4 | 5 | 9:12 | -3 | 13 |
| 10 |
|
SV Wilhelmshaven | 11 | 3 | 3 | 5 | 15:20 | -5 | 12 |
| 11 |
|
Hansa Rostock II | 12 | 3 | 2 | 7 | 18:21 | -3 | 11 |
| 12 |
|
VFC Plauen | 12 | 2 | 5 | 5 | 12:15 | -3 | 11 |
| 13 |
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Türkiyemspor Berlin | 12 | 3 | 2 | 7 | 12:19 | -7 | 11 |
| 14 |
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Sachsen Leipzig | 12 | 2 | 4 | 6 | 9:17 | -8 | 10 |
| 15 |
|
Altona 93 | 12 | 2 | 3 | 7 | 14:24 | -10 | 9 |
| 16 |
|
Hertha BSC II | 12 | 2 | 3 | 7 | 11:24 | -13 | 9 |
| 17 |
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VfB Lübeck | 11 | 0 | 8 | 3 | 6:11 | -5 | 8 |
| 18 |
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Energie Cottbus II | 11 | 1 | 3 | 7 | 9:19 | -10 | 6 |
| Aufstieg | |
| Abstieg |
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# Sachsen Leipzig hat am 4. März 2009 einen Insolvenzantrag gestellt. Der Verein steht damit als erster Absteiger aus der Regionalliga Nord fest. # Altona 93 erhält keine Lizenz für die Saison 2009/2010 und steht damit als Absteiger fest. # Türkiyemspor Berlin hält trotz Rang 15 die Klasse, da Kickes Emden nach dem Lizenzrückzug für die 3. Liga in der Saison 2009/2010 in der Oberliga startet. |
