# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 1. FC Magdeburg, Deutschland 1. FC Magdeburg 13 8 2 3 22:12 10 26
2 SV Babelsberg 03, Deutschland SV Babelsberg 03 11 7 3 1 16:5 11 24
3 Hansa Rostock II, Deutschland Hansa Rostock II 12 7 2 3 21:17 4 23
4 Holstein Kiel, Deutschland Holstein Kiel 11 6 4 1 15:8 7 22
5 Hertha BSC II, Deutschland Hertha BSC II 12 6 3 3 12:10 2 21
6 VfL Wolfsburg II, Deutschland VfL Wolfsburg II 12 6 2 4 22:13 9 20
7 VfB Lübeck, Deutschland VfB Lübeck 13 5 5 3 19:14 5 20
8 Hallescher FC, Deutschland Hallescher FC 11 4 7 0 11:6 5 19
9 SV Wilhelmshaven, Deutschland SV Wilhelmshaven 13 5 4 4 16:16 0 19
10 FC Oberneuland, Deutschland FC Oberneuland 12 5 3 4 16:12 4 18
11 VFC Plauen, Deutschland VFC Plauen 12 5 3 4 22:23 -1 18
12 Chemnitzer FC, Deutschland Chemnitzer FC 12 3 6 3 12:11 1 15
13 Türkiyemspor Berlin, Deutschland Türkiyemspor Berlin 12 4 2 6 11:16 -5 14
14 Altona 93, Deutschland Altona 93 12 4 2 6 13:21 -8 14
15 Hamburger SV II, Deutschland Hamburger SV II 11 3 4 4 13:12 1 13
16 Hannover 96 II, Deutschland Hannover 96 II 12 3 3 6 14:19 -5 12
17 Energie Cottbus II, Deutschland Energie Cottbus II 13 2 3 8 6:20 -14 9
18 Sachsen Leipzig, Deutschland Sachsen Leipzig 12 1 4 7 4:21 -17 7
  Aufstieg
  Abstieg

# Sachsen Leipzig hat am 4. März 2009 einen Insolvenzantrag gestellt. Der Verein steht damit als erster Absteiger aus der Regionalliga Nord fest.

# Altona 93 erhält keine Lizenz für die Saison 2009/2010 und steht damit als Absteiger fest.

# Türkiyemspor Berlin hält trotz Rang 15 die Klasse, da Kickes Emden nach dem Lizenzrückzug für die 3. Liga in der Saison 2009/2010 in der Oberliga startet.