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| 28.03.2009 | 14:00 | Hannover 96 II | - | Hansa Rostock II | 1:1 (0:0) | |
| 14:00 | Altona 93 | - | Hamburger SV II | 1:3 (1:1) | ||
| 14:00 | FC Oberneuland | - | SV Babelsberg 03 | 2:0 (0:0) | ||
| 14:00 | Energie Cottbus II | - | Hertha BSC II | 1:0 (0:0) | ||
| 29.03.2009 | 13:30 | Türkiyemspor Berlin | - | Hallescher FC | 2:2 (2:1) | |
| 13:30 | Chemnitzer FC | - | Holstein Kiel | 0:1 (0:1) | ||
| 13:30 | 1. FC Magdeburg | - | VfL Wolfsburg II | 0:3 (0:2) | ||
| 31.03.2009 | 19:00 | VfB Lübeck | - | Sachsen Leipzig | 1:1 (0:1) | |
| 22.04.2009 | 18:30 | SV Wilhelmshaven | - | VFC Plauen | 2:2 (1:1) |
| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
Holstein Kiel | 24 | 16 | 6 | 2 | 40:17 | 23 | 54 |
| 2 |
|
Hallescher FC | 24 | 13 | 11 | 0 | 28:10 | 18 | 50 |
| 3 |
|
SV Babelsberg 03 | 24 | 12 | 10 | 2 | 29:13 | 16 | 46 |
| 4 |
|
1. FC Magdeburg | 24 | 13 | 5 | 6 | 33:21 | 12 | 44 |
| 5 |
|
VfL Wolfsburg II | 24 | 10 | 6 | 8 | 39:24 | 15 | 36 |
| 6 |
|
Hannover 96 II | 24 | 10 | 5 | 9 | 34:28 | 6 | 35 |
| 7 |
|
Hansa Rostock II | 24 | 10 | 4 | 10 | 39:38 | 1 | 34 |
| 8 |
|
Chemnitzer FC | 24 | 8 | 8 | 8 | 34:26 | 8 | 32 |
| 9 |
|
FC Oberneuland | 24 | 8 | 7 | 9 | 25:24 | 1 | 31 |
| 10 |
|
SV Wilhelmshaven | 24 | 8 | 7 | 9 | 31:36 | -5 | 31 |
| 11 |
|
Hertha BSC II | 24 | 8 | 6 | 10 | 23:34 | -11 | 30 |
| 12 |
|
VFC Plauen | 24 | 7 | 8 | 9 | 34:38 | -4 | 29 |
| 13 |
|
VfB Lübeck | 24 | 5 | 13 | 6 | 25:25 | 0 | 28 |
| 14 |
|
Hamburger SV II | 24 | 7 | 5 | 12 | 29:30 | -1 | 26 |
| 15 |
|
Türkiyemspor Berlin | 24 | 7 | 4 | 13 | 23:35 | -12 | 25 |
| 16 |
|
Altona 93 | 24 | 6 | 5 | 13 | 27:45 | -18 | 23 |
| 17 |
|
Sachsen Leipzig | 24 | 3 | 8 | 13 | 13:38 | -25 | 17 |
| 18 |
|
Energie Cottbus II | 24 | 3 | 6 | 15 | 15:39 | -24 | 15 |
| Aufstieg | |
| Abstieg |
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# Sachsen Leipzig hat am 4. März 2009 einen Insolvenzantrag gestellt. Der Verein steht damit als erster Absteiger aus der Regionalliga Nord fest. # Altona 93 erhält keine Lizenz für die Saison 2009/2010 und steht damit als Absteiger fest. # Türkiyemspor Berlin hält trotz Rang 15 die Klasse, da Kickes Emden nach dem Lizenzrückzug für die 3. Liga in der Saison 2009/2010 in der Oberliga startet. |
