4. Spieltag 22.08.2003 VfR Aalen - Bayern München II 1:6
5. Spieltag 30.08.2003 1. SC Feucht - Bayern München II 1:2
7. Spieltag 12.09.2003 Stuttgarter Kickers - Bayern München II 1:1
9. Spieltag 26.09.2003 Kickers Offenbach - Bayern München II 0:4
10. Spieltag 05.10.2003 Bayern München II - 1. FC Eschborn 1:1
11. Spieltag 11.10.2003 SV 07 Elversberg - Bayern München II 2:2
13. Spieltag 24.10.2003 TSG Hoffenheim - Bayern München II 2:2
14. Spieltag 02.11.2003 Bayern München II - SC Pfullendorf 5:1
18. Spieltag 18.11.2003 Rot-Weiß Erfurt - Bayern München II 0:3
17. Spieltag 22.11.2003 SV Wehen-Taunusstein - Bayern München II 0:0
19. Spieltag 20.02.2004 Bayern München II - 1. FC Schweinfurt 05 0:1
20. Spieltag 27.02.2004 1. FC Saarbrücken - Bayern München II 1:1
21. Spieltag 07.03.2004 Bayern München II - VfR Aalen 3:3
22. Spieltag 12.03.2004 Bayern München II - 1. SC Feucht 0:2
23. Spieltag 19.03.2004 Sportfreunde Siegen - Bayern München II 2:2
25. Spieltag 04.04.2004 1. FC Kaiserslautern II - Bayern München II 1:4
26. Spieltag 08.04.2004 Bayern München II - Kickers Offenbach 3:1 Tor
24. Spieltag 14.04.2004 Bayern München II - Stuttgarter Kickers 0:2
27. Spieltag 17.04.2004 1. FC Eschborn - Bayern München II 2:2
28. Spieltag 23.04.2004 Bayern München II - SV 07 Elversberg 1:1
29. Spieltag 01.05.2004 FC Augsburg - Bayern München II 1:0
30. Spieltag 09.05.2004 Bayern München II - TSG Hoffenheim 6:2
31. Spieltag 15.05.2004 SC Pfullendorf - Bayern München II 0:1
33. Spieltag 29.05.2004 1. FSV Mainz 05 II - Bayern München II 0:3
34. Spieltag 05.06.2004 Bayern München II - SV Wehen-Taunusstein 1:0