1. Spieltag 01.08.2003 Borussia Dortmund II - SC Paderborn 07 0:1
2. Spieltag 09.08.2003 SC Paderborn 07 - Sachsen Leipzig 2:1
3. Spieltag 16.08.2003 1. FC Köln II - SC Paderborn 07 0:1
4. Spieltag 22.08.2003 SC Paderborn 07 - Werder Bremen II 1:1
5. Spieltag 30.08.2003 VfR Neumünster - SC Paderborn 07 1:3
6. Spieltag 06.09.2003 SC Paderborn 07 - KFC Uerdingen 05 1:1 gelbe Karte
7. Spieltag 13.09.2003 Eintracht Braunschweig - SC Paderborn 07 2:0 gelbe Karte
8. Spieltag 20.09.2003 SC Paderborn 07 - SG Wattenscheid 09 3:2
9. Spieltag 27.09.2003 FC St. Pauli - SC Paderborn 07 2:0
10. Spieltag 04.10.2003 SC Paderborn 07 - Dynamo Dresden 1:1
11. Spieltag 11.10.2003 Wuppertaler SV - SC Paderborn 07 0:3
12. Spieltag 18.10.2003 SC Paderborn 07 - Hamburger SV II 0:0
13. Spieltag 24.10.2003 Holstein Kiel - SC Paderborn 07 1:1
14. Spieltag 02.11.2003 SC Paderborn 07 - Rot-Weiss Essen 2:1
17. Spieltag 22.11.2003 SC Paderborn 07 - FC Schalke 04 II 3:1
18. Spieltag 29.11.2003 SC Paderborn 07 - Borussia Dortmund II 1:3
19. Spieltag 06.12.2003 Sachsen Leipzig - SC Paderborn 07 0:0
21. Spieltag 07.03.2004 Werder Bremen II - SC Paderborn 07 3:3
22. Spieltag 13.03.2004 SC Paderborn 07 - VfR Neumünster 1:0
23. Spieltag 20.03.2004 KFC Uerdingen 05 - SC Paderborn 07 2:3
24. Spieltag 27.03.2004 SC Paderborn 07 - Eintracht Braunschweig 2:1
20. Spieltag 30.03.2004 SC Paderborn 07 - 1. FC Köln II 2:0
25. Spieltag 03.04.2004 SG Wattenscheid 09 - SC Paderborn 07 1:1 gelbe Karte
26. Spieltag 12.04.2004 SC Paderborn 07 - FC St. Pauli 2:1
27. Spieltag 17.04.2004 Dynamo Dresden - SC Paderborn 07 2:1
28. Spieltag 24.04.2004 SC Paderborn 07 - Wuppertaler SV 0:0 gelbe Karte
29. Spieltag 01.05.2004 Hamburger SV II - SC Paderborn 07 1:1
30. Spieltag 08.05.2004 SC Paderborn 07 - Holstein Kiel 3:1
31. Spieltag 15.05.2004 Rot-Weiss Essen - SC Paderborn 07 3:1
32. Spieltag 22.05.2004 SC Paderborn 07 - Chemnitzer FC 4:0
33. Spieltag 30.05.2004 SC Paderborn 07 - Preußen Münster 2:2 gelbe Karte