| 1. Spieltag | 17.08.2008 | FC Ingolstadt 04 | - | SpVgg Greuther Fürth | 3:2 | ||||
| 3. Spieltag | 29.08.2008 | FC Ingolstadt 04 | - | 1. FC Kaiserslautern | 1:3 | ||||
| 8. Spieltag | 19.10.2008 | MSV Duisburg | - | FC Ingolstadt 04 | 6:1 | ||||
| 9. Spieltag | 24.10.2008 | FC Ingolstadt 04 | - | FC Augsburg | 1:2 | ||||
| 10. Spieltag | 28.10.2008 | SV Wehen Wiesbaden | - | FC Ingolstadt 04 | 0:0 | ||||
| 11. Spieltag | 02.11.2008 | FC Ingolstadt 04 | - | SC Freiburg | 4:0 | ||||
| 12. Spieltag | 09.11.2008 | 1. FSV Mainz 05 | - | FC Ingolstadt 04 | 0:3 | ||||
| 13. Spieltag | 16.11.2008 | FC Ingolstadt 04 | - | 1. FC Nürnberg | 0:3 | ||||
| 14. Spieltag | 21.11.2008 | Rot Weiss Ahlen | - | FC Ingolstadt 04 | 3:0 |  |
|||
| 15. Spieltag | 30.11.2008 | FC St. Pauli | - | FC Ingolstadt 04 | 1:0 | |
|||
| 16. Spieltag | 05.12.2008 | FC Ingolstadt 04 | - | FSV Frankfurt | 1:1 | ||||
| 18. Spieltag | 01.02.2009 | SpVgg Greuther Fürth | - | FC Ingolstadt 04 | 6:1 | ||||
| 28. Spieltag | 19.04.2009 | SC Freiburg | - | FC Ingolstadt 04 | 3:2 |
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