1. Spieltag 03.08.2003 1. FC Köln II - Rot-Weiss Essen 2:2
2. Spieltag 09.08.2003 Chemnitzer FC - 1. FC Köln II 0:0 gelbe Karte
3. Spieltag 16.08.2003 1. FC Köln II - SC Paderborn 07 0:1
4. Spieltag 24.08.2003 FC Schalke 04 II - 1. FC Köln II 5:2
5. Spieltag 31.08.2003 1. FC Köln II - Borussia Dortmund II 2:2
6. Spieltag 07.09.2003 Sachsen Leipzig - 1. FC Köln II 1:1
7. Spieltag 13.09.2003 Preußen Münster - 1. FC Köln II 0:4
8. Spieltag 18.09.2003 1. FC Köln II - Werder Bremen II 2:0
9. Spieltag 28.09.2003 VfR Neumünster - 1. FC Köln II 2:2
10. Spieltag 04.10.2003 1. FC Köln II - KFC Uerdingen 05 5:3
11. Spieltag 10.10.2003 Eintracht Braunschweig - 1. FC Köln II 2:3
12. Spieltag 19.10.2003 1. FC Köln II - SG Wattenscheid 09 0:1
13. Spieltag 24.10.2003 FC St. Pauli - 1. FC Köln II 4:0
14. Spieltag 31.10.2003 1. FC Köln II - Dynamo Dresden 2:0
15. Spieltag 08.11.2003 Wuppertaler SV - 1. FC Köln II 3:0
16. Spieltag 16.11.2003 1. FC Köln II - Hamburger SV II 0:0
17. Spieltag 22.11.2003 Holstein Kiel - 1. FC Köln II 5:2 gelbe Karte
18. Spieltag 29.11.2003 Rot-Weiss Essen - 1. FC Köln II 0:0
21. Spieltag 08.03.2004 1. FC Köln II - FC Schalke 04 II 1:2
22. Spieltag 14.03.2004 Borussia Dortmund II - 1. FC Köln II 0:4
23. Spieltag 21.03.2004 1. FC Köln II - Sachsen Leipzig 1:1
24. Spieltag 27.03.2004 1. FC Köln II - Preußen Münster 2:1 gelbe Karte
20. Spieltag 30.03.2004 SC Paderborn 07 - 1. FC Köln II 2:0
25. Spieltag 05.04.2004 Werder Bremen II - 1. FC Köln II 1:1
26. Spieltag 10.04.2004 1. FC Köln II - VfR Neumünster 1:2
27. Spieltag 17.04.2004 KFC Uerdingen 05 - 1. FC Köln II 2:1 rote Karte
31. Spieltag 15.05.2004 Dynamo Dresden - 1. FC Köln II 3:0
32. Spieltag 22.05.2004 1. FC Köln II - Wuppertaler SV 4:0
33. Spieltag 30.05.2004 Hamburger SV II - 1. FC Köln II 2:0
34. Spieltag 05.06.2004 1. FC Köln II - Holstein Kiel 1:1