1. Spieltag 05.08.2006 FC Ingolstadt 04 - 1. FC Saarbrücken 0:3
2. Spieltag 09.08.2006 Sportfreunde Siegen - FC Ingolstadt 04 0:1
3. Spieltag 12.08.2006 FC Ingolstadt 04 - SSV Reutlingen 1:2
4. Spieltag 18.08.2006 FK Pirmasens - FC Ingolstadt 04 0:1
6. Spieltag 02.09.2006 SV Wehen-Taunusstein - FC Ingolstadt 04 2:3
7. Spieltag 08.09.2006 FC Ingolstadt 04 - TSV 1860 München II 3:0 gelbe Karte
8. Spieltag 16.09.2006 Hessen Kassel - FC Ingolstadt 04 0:5 gelbe Karte
10. Spieltag 30.09.2006 SV 07 Elversberg - FC Ingolstadt 04 0:0 gelbe Karte
11. Spieltag 14.10.2006 FC Ingolstadt 04 - VfR Aalen 1:1
12. Spieltag 21.10.2006 Karlsruher SC II - FC Ingolstadt 04 1:0
14. Spieltag 03.11.2006 VfB Stuttgart II - FC Ingolstadt 04 0:1
16. Spieltag 11.11.2006 FC Ingolstadt 04 - SV Darmstadt 98 2:2
17. Spieltag 18.11.2006 SC Pfullendorf - FC Ingolstadt 04 2:2
18. Spieltag 25.11.2006 1. FC Saarbrücken - FC Ingolstadt 04 6:0
19. Spieltag 02.12.2006 FC Ingolstadt 04 - Sportfreunde Siegen 0:2
20. Spieltag 09.12.2006 SSV Reutlingen - FC Ingolstadt 04 0:1
21. Spieltag 24.02.2007 FC Ingolstadt 04 - FK Pirmasens 3:1
22. Spieltag 03.03.2007 Stuttgarter Kickers - FC Ingolstadt 04 1:1
26. Spieltag 05.04.2007 TSG Hoffenheim - FC Ingolstadt 04 0:0 gelbe Karte
29. Spieltag 28.04.2007 FC Ingolstadt 04 - Karlsruher SC II 1:1
30. Spieltag 04.05.2007 1. FC Kaiserslautern II - FC Ingolstadt 04 0:2
31. Spieltag 12.05.2007 FC Ingolstadt 04 - VfB Stuttgart II 2:2
32. Spieltag 19.05.2007 FC Ingolstadt 04 - Bayern München II 1:0
33. Spieltag 26.05.2007 SV Darmstadt 98 - FC Ingolstadt 04 2:2 Tor
34. Spieltag 02.06.2007 FC Ingolstadt 04 - SC Pfullendorf 1:1