# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 Bayern München II, Deutschland Bayern München II 11 8 2 1 15:5 10 26
2 FC Memmingen, Deutschland FC Memmingen 11 6 3 2 14:7 7 21
3 1. FC Nürnberg II, Deutschland 1. FC Nürnberg II 11 5 5 1 13:4 9 20
4 VfB Eichstätt, Deutschland VfB Eichstätt 11 5 4 2 15:10 5 19
5 1. FC Schweinfurt 05, Deutschland 1. FC Schweinfurt 05 11 4 6 1 12:6 6 18
6 SpVgg Greuther Fürth II, Deutschland SpVgg Greuther Fürth II 11 5 2 4 10:7 3 17
7 VfR Garching, Deutschland VfR Garching 11 5 1 5 10:13 -3 16
8 FC Pipinsried, Deutschland FC Pipinsried 11 4 3 4 9:11 -2 15
9 TSV Buchbach, Deutschland TSV Buchbach 11 3 5 3 12:10 2 14
10 SV Schalding-Heining, Deutschland SV Schalding-Heining 11 3 5 3 7:6 1 14
11 SV Heimstetten, Deutschland SV Heimstetten 11 4 2 5 9:12 -3 14
12 FC Ingolstadt 04 II, Deutschland FC Ingolstadt 04 II 11 3 4 4 7:8 -1 13
13 Wacker Burghausen, Deutschland Wacker Burghausen 11 2 6 3 4:6 -2 12
14 Viktoria Aschaffenburg, Deutschland Viktoria Aschaffenburg 11 3 3 5 8:11 -3 12
15 FV Illertissen, Deutschland FV Illertissen 11 1 7 3 5:6 -1 10
16 TSV 1860 Rosenheim, Deutschland TSV 1860 Rosenheim 11 2 3 6 5:18 -13 9
17 FC Augsburg II, Deutschland FC Augsburg II 11 1 5 5 6:11 -5 8
18 SpVgg Bayreuth, Deutschland SpVgg Bayreuth 11 1 2 8 3:13 -10 5
  Playoffs
  Relegation
  Abstieg

# Durch den Abstieg der Profimannschaft des FC Ingolstadt 04 in die 3. Liga wurde der FC Ingolstadt 04 II mit 0 Punkten an das Ende der Tabelle gesetzt. Die erspielten Ergebnisse behalten aber ihre Gültigkeit. Das Team lag am Ende der Saison eigentlich mit 45 Punkten auf dem neunten Tabellenplatz.