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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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1. FC Schweinfurt 05 | 5 | 4 | 1 | 0 | 14:3 | 11 | 13 |
| 2 |
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1. FC Nürnberg II | 6 | 4 | 1 | 1 | 13:5 | 8 | 13 |
| 3 |
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VfB Eichstätt | 6 | 4 | 1 | 1 | 15:8 | 7 | 13 |
| 4 |
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Wacker Burghausen | 6 | 4 | 1 | 1 | 9:5 | 4 | 13 |
| 5 |
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Bayern München II | 5 | 3 | 2 | 0 | 9:5 | 4 | 11 |
| 6 |
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FV Illertissen | 6 | 3 | 1 | 2 | 11:11 | 0 | 10 |
| 7 |
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FC Ingolstadt 04 II | 7 | 3 | 1 | 3 | 9:9 | 0 | 10 |
| 8 |
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FC Memmingen | 4 | 2 | 2 | 0 | 8:5 | 3 | 8 |
| 9 |
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TSV Buchbach | 5 | 2 | 1 | 2 | 12:11 | 1 | 7 |
| 10 |
|
VfR Garching | 5 | 2 | 1 | 2 | 8:7 | 1 | 7 |
| 11 |
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SpVgg Greuther Fürth II | 6 | 2 | 0 | 4 | 9:7 | 2 | 6 |
| 12 |
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Viktoria Aschaffenburg | 5 | 2 | 0 | 3 | 7:8 | -1 | 6 |
| 13 |
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TSV 1860 Rosenheim | 5 | 1 | 3 | 1 | 7:9 | -2 | 6 |
| 14 |
|
FC Pipinsried | 6 | 0 | 4 | 2 | 8:11 | -3 | 4 |
| 15 |
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FC Augsburg II | 5 | 1 | 1 | 3 | 6:9 | -3 | 4 |
|
SV Heimstetten | 5 | 1 | 1 | 3 | 6:9 | -3 | 4 | |
| 17 |
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SV Schalding-Heining | 6 | 1 | 1 | 4 | 3:9 | -6 | 4 |
| 18 |
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SpVgg Bayreuth | 6 | 1 | 1 | 4 | 2:9 | -7 | 4 |
| Playoffs | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Durch den Abstieg der Profimannschaft des FC Ingolstadt 04 in die 3. Liga wurde der FC Ingolstadt 04 II mit 0 Punkten an das Ende der Tabelle gesetzt. Die erspielten Ergebnisse behalten aber ihre Gültigkeit. Das Team lag am Ende der Saison eigentlich mit 45 Punkten auf dem neunten Tabellenplatz. |
