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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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Bayern München II | 25 | 13 | 9 | 3 | 28:12 | 16 | 48 |
| 2 |
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VfB Eichstätt | 25 | 13 | 6 | 6 | 32:20 | 12 | 45 |
| 3 |
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TSV Buchbach | 25 | 12 | 8 | 5 | 30:15 | 15 | 44 |
| 4 |
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1. FC Schweinfurt 05 | 25 | 9 | 10 | 6 | 20:18 | 2 | 37 |
| 5 |
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1. FC Nürnberg II | 25 | 9 | 9 | 7 | 19:15 | 4 | 36 |
| 6 |
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VfR Garching | 25 | 9 | 8 | 8 | 17:20 | -3 | 35 |
| 7 |
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FC Pipinsried | 25 | 10 | 5 | 10 | 21:27 | -6 | 35 |
| 8 |
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FC Memmingen | 25 | 9 | 7 | 9 | 21:20 | 1 | 34 |
| 9 |
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FV Illertissen | 25 | 8 | 10 | 7 | 19:18 | 1 | 34 |
| 10 |
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SV Schalding-Heining | 25 | 7 | 11 | 7 | 20:19 | 1 | 32 |
| 11 |
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Viktoria Aschaffenburg | 25 | 8 | 7 | 10 | 24:24 | 0 | 31 |
| 12 |
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FC Ingolstadt 04 II | 25 | 8 | 7 | 10 | 18:20 | -2 | 31 |
| 13 |
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SpVgg Bayreuth | 25 | 7 | 8 | 10 | 19:22 | -3 | 29 |
| 14 |
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SpVgg Greuther Fürth II | 25 | 8 | 5 | 12 | 17:20 | -3 | 29 |
| 15 |
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SV Heimstetten | 25 | 8 | 5 | 12 | 23:31 | -8 | 29 |
| 16 |
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Wacker Burghausen | 25 | 6 | 10 | 9 | 14:15 | -1 | 28 |
| 17 |
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FC Augsburg II | 25 | 4 | 12 | 9 | 14:20 | -6 | 24 |
| 18 |
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TSV 1860 Rosenheim | 25 | 5 | 7 | 13 | 12:32 | -20 | 22 |
| Playoffs | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Durch den Abstieg der Profimannschaft des FC Ingolstadt 04 in die 3. Liga wurde der FC Ingolstadt 04 II mit 0 Punkten an das Ende der Tabelle gesetzt. Die erspielten Ergebnisse behalten aber ihre Gültigkeit. Das Team lag am Ende der Saison eigentlich mit 45 Punkten auf dem neunten Tabellenplatz. |
