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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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Holstein Kiel | 16 | 12 | 3 | 1 | 30:10 | 20 | 39 |
| 2 |
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Hallescher FC | 16 | 11 | 5 | 0 | 23:7 | 16 | 38 |
| 3 |
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Hannover 96 II | 16 | 9 | 3 | 4 | 28:14 | 14 | 30 |
| 4 |
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VfL Wolfsburg II | 16 | 7 | 5 | 4 | 23:14 | 9 | 26 |
| 5 |
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SV Babelsberg 03 | 16 | 6 | 8 | 2 | 17:12 | 5 | 26 |
| 6 |
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1. FC Magdeburg | 16 | 7 | 3 | 6 | 19:19 | 0 | 24 |
| 7 |
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Chemnitzer FC | 16 | 6 | 3 | 7 | 28:23 | 5 | 21 |
| 8 |
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Hamburger SV II | 16 | 5 | 2 | 9 | 21:25 | -4 | 17 |
| 9 |
|
FC Oberneuland | 16 | 4 | 4 | 8 | 12:18 | -6 | 16 |
| 10 |
|
SV Wilhelmshaven | 16 | 4 | 3 | 9 | 23:31 | -8 | 15 |
| 11 |
|
Türkiyemspor Berlin | 16 | 4 | 3 | 9 | 16:24 | -8 | 15 |
| 12 |
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Hertha BSC II | 16 | 3 | 6 | 7 | 18:30 | -12 | 15 |
| 13 |
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VFC Plauen | 16 | 2 | 8 | 6 | 15:21 | -6 | 14 |
| 14 |
|
VfB Lübeck | 16 | 1 | 10 | 5 | 11:19 | -8 | 13 |
| 15 |
|
Energie Cottbus II | 16 | 3 | 4 | 9 | 15:25 | -10 | 13 |
| 16 |
|
Hansa Rostock II | 16 | 3 | 3 | 10 | 20:29 | -9 | 12 |
| 17 |
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Sachsen Leipzig | 16 | 2 | 5 | 9 | 11:23 | -12 | 11 |
| 18 |
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Altona 93 | 16 | 2 | 3 | 11 | 19:38 | -19 | 9 |
| Aufstieg | |
| Abstieg |
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# Sachsen Leipzig hat am 4. März 2009 einen Insolvenzantrag gestellt. Der Verein steht damit als erster Absteiger aus der Regionalliga Nord fest. # Altona 93 erhält keine Lizenz für die Saison 2009/2010 und steht damit als Absteiger fest. # Türkiyemspor Berlin hält trotz Rang 15 die Klasse, da Kickes Emden nach dem Lizenzrückzug für die 3. Liga in der Saison 2009/2010 in der Oberliga startet. |
