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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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SV Babelsberg 03 | 16 | 10 | 4 | 2 | 27:9 | 18 | 34 |
| 2 |
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1. FC Magdeburg | 16 | 10 | 3 | 3 | 27:13 | 14 | 33 |
| 3 |
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VfB Lübeck | 16 | 8 | 5 | 3 | 24:14 | 10 | 29 |
| 4 |
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Hallescher FC | 16 | 7 | 8 | 1 | 18:12 | 6 | 29 |
| 5 |
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Holstein Kiel | 16 | 7 | 7 | 2 | 20:12 | 8 | 28 |
| 6 |
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SV Wilhelmshaven | 16 | 8 | 4 | 4 | 21:18 | 3 | 28 |
| 7 |
|
Hertha BSC II | 16 | 8 | 4 | 4 | 21:20 | 1 | 28 |
| 8 |
|
VfL Wolfsburg II | 16 | 8 | 3 | 5 | 29:17 | 12 | 27 |
| 9 |
|
Hansa Rostock II | 16 | 8 | 3 | 5 | 28:27 | 1 | 27 |
| 10 |
|
FC Oberneuland | 16 | 7 | 3 | 6 | 23:20 | 3 | 24 |
| 11 |
|
VFC Plauen | 16 | 6 | 4 | 6 | 32:32 | 0 | 22 |
| 12 |
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Türkiyemspor Berlin | 16 | 6 | 3 | 7 | 18:19 | -1 | 21 |
| 13 |
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Altona 93 | 16 | 6 | 3 | 7 | 19:25 | -6 | 21 |
| 14 |
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Chemnitzer FC | 16 | 4 | 8 | 4 | 20:18 | 2 | 20 |
| 15 |
|
Hamburger SV II | 16 | 4 | 7 | 5 | 19:17 | 2 | 19 |
| 16 |
|
Hannover 96 II | 16 | 4 | 4 | 8 | 18:24 | -6 | 16 |
| 17 |
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Sachsen Leipzig | 16 | 3 | 4 | 9 | 10:27 | -17 | 13 |
| 18 |
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Energie Cottbus II | 16 | 2 | 4 | 10 | 8:25 | -17 | 10 |
| Aufstieg | |
| Abstieg |
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# Sachsen Leipzig hat am 4. März 2009 einen Insolvenzantrag gestellt. Der Verein steht damit als erster Absteiger aus der Regionalliga Nord fest. # Altona 93 erhält keine Lizenz für die Saison 2009/2010 und steht damit als Absteiger fest. # Türkiyemspor Berlin hält trotz Rang 15 die Klasse, da Kickes Emden nach dem Lizenzrückzug für die 3. Liga in der Saison 2009/2010 in der Oberliga startet. |
