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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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1. FC Heidenheim 1846 | 16 | 10 | 3 | 3 | 25:17 | 8 | 33 |
| 2 |
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Eintracht Frankfurt II | 16 | 9 | 3 | 4 | 29:18 | 11 | 30 |
| 3 |
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1. FC Nürnberg II | 15 | 8 | 4 | 3 | 23:13 | 10 | 28 |
| 4 |
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Hessen Kassel | 16 | 8 | 4 | 4 | 28:19 | 9 | 28 |
| 5 |
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Waldhof Mannheim | 16 | 8 | 2 | 6 | 27:16 | 11 | 26 |
| 6 |
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TSV 1860 München II | 15 | 7 | 2 | 6 | 25:20 | 5 | 23 |
| 7 |
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SV Wehen Wiesbaden II | 15 | 7 | 1 | 7 | 18:17 | 1 | 22 |
| 8 |
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Viktoria Aschaffenburg | 15 | 4 | 5 | 6 | 19:20 | -1 | 17 |
| 9 |
|
SSV Ulm 1846 | 15 | 3 | 8 | 4 | 17:18 | -1 | 17 |
| 10 |
|
SV Darmstadt 98 | 16 | 5 | 2 | 9 | 18:23 | -5 | 17 |
| 11 |
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SSV Reutlingen | 16 | 4 | 5 | 7 | 17:31 | -14 | 17 |
| 12 |
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SpVgg Greuther Fürth II | 16 | 3 | 7 | 6 | 15:18 | -3 | 16 |
| 13 |
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1. FC Eintracht Bamberg | 15 | 4 | 4 | 7 | 28:35 | -7 | 16 |
| 14 |
|
SC Pfullendorf | 15 | 4 | 4 | 7 | 18:27 | -9 | 16 |
| 15 |
|
SC Freiburg II | 16 | 4 | 3 | 9 | 17:33 | -16 | 15 |
| 16 |
|
SpVgg Unterhaching II | 15 | 3 | 2 | 10 | 18:34 | -16 | 11 |
| 17 |
|
Karlsruher SC II | 15 | 3 | 1 | 11 | 14:32 | -18 | 10 |
| 18 |
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TSV Großbardorf | 16 | 1 | 4 | 11 | 9:34 | -25 | 7 |
| Aufstieg | |
| Abstieg |
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# Das Spiel Unterhaching II - 1860 II (25. Spieltag) wurde wegen des Einsatzes eines nicht spielberechtigten Spielers mit 0:2 gewertet. # Viktoria Aschaffenburg hat aus finanziellen Gründen keine Lizenz für die Saison 2009/2010 beantragt und steht damit als Absteiger fest. |
