# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 1. FC Heidenheim 1846, Deutschland 1. FC Heidenheim 1846 31 20 6 5 56:32 24 66
2 Hessen Kassel, Deutschland Hessen Kassel 31 20 5 6 65:28 37 65
3 Eintracht Frankfurt II, Deutschland Eintracht Frankfurt II 31 18 7 6 54:30 24 61
4 1. FC Nürnberg II, Deutschland 1. FC Nürnberg II 31 16 8 7 59:34 25 56
5 Waldhof Mannheim, Deutschland Waldhof Mannheim 31 17 5 9 51:30 21 56
6 SSV Ulm 1846, Deutschland SSV Ulm 1846 31 13 13 5 53:30 23 52
7 SC Pfullendorf, Deutschland SC Pfullendorf 31 14 7 10 48:43 5 49
8 TSV 1860 München II, Deutschland TSV 1860 München II 31 13 7 11 49:38 11 46
9 SV Wehen Wiesbaden II, Deutschland SV Wehen Wiesbaden II 31 13 4 14 35:34 1 43
10 1. FC Eintracht Bamberg, Deutschland 1. FC Eintracht Bamberg 31 12 6 13 49:55 -6 42
11 SpVgg Greuther Fürth II, Deutschland SpVgg Greuther Fürth II 31 10 9 12 35:33 2 39
12 Viktoria Aschaffenburg, Deutschland Viktoria Aschaffenburg 31 8 12 11 35:40 -5 36
13 SSV Reutlingen, Deutschland SSV Reutlingen 31 9 9 13 38:51 -13 36
14 SC Freiburg II, Deutschland SC Freiburg II 31 10 5 16 39:58 -19 35
15 SV Darmstadt 98, Deutschland SV Darmstadt 98 31 7 10 14 36:48 -12 31
16 Karlsruher SC II, Deutschland Karlsruher SC II 31 8 4 19 31:62 -31 28
17 TSV Großbardorf, Deutschland TSV Großbardorf 31 4 6 21 29:76 -47 18
18 SpVgg Unterhaching II, Deutschland SpVgg Unterhaching II 31 3 5 23 28:68 -40 14
  Aufstieg
  Abstieg

# Das Spiel Unterhaching II - 1860 II (25. Spieltag) wurde wegen des Einsatzes eines nicht spielberechtigten Spielers mit 0:2 gewertet.

# Viktoria Aschaffenburg hat aus finanziellen Gründen keine Lizenz für die Saison 2009/2010 beantragt und steht damit als Absteiger fest.