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| Tabelle | Heim | » Auswärts | Hinrunde | Rückrunde | 1. Halbzeit | 2. Halbzeit |
| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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SC Paderborn 07 | 10 | 7 | 0 | 3 | 22:16 | 6 | 21 |
| 2 |
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Kickers Emden | 10 | 5 | 3 | 2 | 10:9 | 1 | 18 |
| 3 |
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Fortuna Düsseldorf | 10 | 5 | 0 | 5 | 13:7 | 6 | 15 |
| 4 |
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1. FC Union Berlin | 9 | 4 | 3 | 2 | 12:9 | 3 | 15 |
| 5 |
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VfB Stuttgart II | 9 | 3 | 3 | 3 | 20:15 | 5 | 12 |
| 6 |
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Bayern München II | 10 | 2 | 6 | 2 | 11:11 | 0 | 12 |
| 7 |
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SpVgg Unterhaching | 10 | 3 | 3 | 4 | 13:22 | -9 | 12 |
| 8 |
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FC Carl Zeiss Jena | 9 | 3 | 2 | 4 | 11:10 | 1 | 11 |
| 9 |
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Erzgebirge Aue | 10 | 3 | 2 | 5 | 17:19 | -2 | 11 |
| 10 |
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Rot-Weiß Erfurt | 10 | 3 | 2 | 5 | 9:11 | -2 | 11 |
| 11 |
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SV Sandhausen | 10 | 2 | 4 | 4 | 13:19 | -6 | 10 |
| 12 |
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Jahn Regensburg | 10 | 2 | 4 | 4 | 11:17 | -6 | 10 |
| 13 |
|
Dynamo Dresden | 9 | 2 | 2 | 5 | 5:9 | -4 | 8 |
| 14 |
|
Eintracht Braunschweig | 9 | 2 | 2 | 5 | 7:13 | -6 | 8 |
| 15 |
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VfR Aalen | 9 | 1 | 5 | 3 | 7:16 | -9 | 8 |
| 16 |
|
Kickers Offenbach | 9 | 1 | 4 | 4 | 7:12 | -5 | 7 |
| 17 |
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Wuppertaler SV | 9 | 1 | 3 | 5 | 4:10 | -6 | 6 |
| 18 |
|
Wacker Burghausen | 9 | 1 | 3 | 5 | 9:20 | -11 | 6 |
| 19 |
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Stuttgarter Kickers | 10 | 0 | 4 | 6 | 11:24 | -13 | 4 |
| 20 |
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Werder Bremen II | 9 | 0 | 2 | 7 | 6:16 | -10 | 2 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Den Stuttgarter Kickers wurden drei Punkte wegen eines nicht fristgerecht zurückgezahlten Darlehens aus dem DFB-Kautionsfond abgezogen. # Kickers Emden hat die Lizenz für die Saison 2009/2010 zurückgezogen und steht somit als Absteiger fest. Infolgedessen hat Wacker Burghausen die Klasse gehalten. |
