| 6. Spieltag | 13.09.2008 | Stuttgarter Kickers | - | Erzgebirge Aue | 1:2 | ||||
| 7. Spieltag | 20.09.2008 | Erzgebirge Aue | - | Fortuna Düsseldorf | 0:1 | ||||
| 10. Spieltag | 18.10.2008 | Jahn Regensburg | - | Erzgebirge Aue | 1:4 |  |
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| 11. Spieltag | 25.10.2008 | Wacker Burghausen | - | Erzgebirge Aue | 0:4 |  |
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| 12. Spieltag | 28.10.2008 | Erzgebirge Aue | - | Rot-Weiß Erfurt | 1:0 | ||||
| 13. Spieltag | 01.11.2008 | Kickers Emden | - | Erzgebirge Aue | 1:1 | |
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| 17. Spieltag | 29.11.2008 | 1. FC Union Berlin | - | Erzgebirge Aue | 2:0 | ||||
| 16. Spieltag | 02.12.2008 | Erzgebirge Aue | - | Kickers Offenbach | 2:1 | |
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| 18. Spieltag | 06.12.2008 | Erzgebirge Aue | - | Wuppertaler SV | 1:0 | ||||
| 19. Spieltag | 31.01.2009 | Dynamo Dresden | - | Erzgebirge Aue | 3:1 | ||||
| 24. Spieltag | 28.02.2009 | SC Paderborn 07 | - | Erzgebirge Aue | 0:0 | |
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| 21. Spieltag | 04.03.2009 | Erzgebirge Aue | - | FC Carl Zeiss Jena | 5:0 | |
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