| 1. Spieltag | 11.08.2006 | Wacker Burghausen | - | Karlsruher SC | 0:4 | ||||
| 3. Spieltag | 28.08.2006 | Wacker Burghausen | - | TSV 1860 München | 0:2 | ||||
| 4. Spieltag | 17.09.2006 | TuS Koblenz | - | Wacker Burghausen | 1:2 | ||||
| 5. Spieltag | 24.09.2006 | Wacker Burghausen | - | Erzgebirge Aue | 1:1 | ||||
| 7. Spieltag | 15.10.2006 | Wacker Burghausen | - | Hansa Rostock | 0:1 | ||||
| 8. Spieltag | 20.10.2006 | SC Freiburg | - | Wacker Burghausen | 2:0 | ||||
| 9. Spieltag | 29.10.2006 | Wacker Burghausen | - | MSV Duisburg | 1:1 |  |
|||
| 10. Spieltag | 03.11.2006 | SpVgg Unterhaching | - | Wacker Burghausen | 0:2 | ||||
| 11. Spieltag | 08.11.2006 | 1. FC Kaiserslautern | - | Wacker Burghausen | 4:0 | ||||
| 12. Spieltag | 12.11.2006 | Wacker Burghausen | - | Kickers Offenbach | 4:1 | ||||
| 13. Spieltag | 19.11.2006 | FC Augsburg | - | Wacker Burghausen | 1:0 | ||||
| 14. Spieltag | 26.11.2006 | Wacker Burghausen | - | Eintracht Braunschweig | 1:1 | |
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| 15. Spieltag | 03.12.2006 | FC Carl Zeiss Jena | - | Wacker Burghausen | 0:2 | ||||
| 16. Spieltag | 08.12.2006 | Wacker Burghausen | - | Rot-Weiss Essen | 1:1 | ||||
| 17. Spieltag | 17.12.2006 | SC Paderborn 07 | - | Wacker Burghausen | 1:1 | |
Deutschland