| Vorrunde Gr. F | 15.09.1999 | Bayern München | - | PSV Eindhoven | 2:1 | ||||
| Vorrunde Gr. F | 21.09.1999 | Rangers FC | - | Bayern München | 1:1 | ||||
| Vorrunde Gr. F | 28.09.1999 | Bayern München | - | Valencia CF | 1:1 | ||||
| Vorrunde Gr. F | 20.10.1999 | Valencia CF | - | Bayern München | 1:1 | ||||
| Vorrunde Gr. F | 26.10.1999 | PSV Eindhoven | - | Bayern München | 2:1 | ||||
| Vorrunde Gr. F | 03.11.1999 | Bayern München | - | Rangers FC | 1:0 | ||||
| Zwischenrunde Gr. C | 24.11.1999 | Rosenborg BK | - | Bayern München | 1:1 | ||||
| Zwischenrunde Gr. C | 07.12.1999 | Bayern München | - | Dinamo Kiev | 2:1 | ||||
| Zwischenrunde Gr. C | 29.02.2000 | Real Madrid | - | Bayern München | 2:4 | ||||
| Zwischenrunde Gr. C | 08.03.2000 | Bayern München | - | Real Madrid | 4:1 | ||||
| Zwischenrunde Gr. C | 14.03.2000 | Bayern München | - | Rosenborg BK | 2:1 | ||||
| Zwischenrunde Gr. C | 22.03.2000 | Dinamo Kiev | - | Bayern München | 2:0 | ||||
| Viertelfinale | 04.04.2000 | FC Porto | - | Bayern München | 1:1 | ||||
| Viertelfinale | 19.04.2000 | Bayern München | - | FC Porto | 2:1 | ||||
| Halbfinale | 02.05.2000 | Real Madrid | - | Bayern München | 2:0 | ||||
| Halbfinale | 10.05.2000 | Bayern München | - | Real Madrid | 2:1 |
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