| 24. Spieltag | 04.02.2024 | FC Ingolstadt 04 | - | Dynamo Dresden | 2:1 |  |
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| 25. Spieltag | 11.02.2024 | TSV 1860 München | - | FC Ingolstadt 04 | 3:1 | ||||
| 26. Spieltag | 16.02.2024 | FC Ingolstadt 04 | - | SC Freiburg II | 2:3 | |
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| 27. Spieltag | 24.02.2024 | SSV Ulm 1846 | - | FC Ingolstadt 04 | 0:0 | ||||
| 28. Spieltag | 03.03.2024 | FC Ingolstadt 04 | - | Viktoria Köln | 1:3 | ||||
| 29. Spieltag | 09.03.2024 | Jahn Regensburg | - | FC Ingolstadt 04 | 1:1 | ||||
| 30. Spieltag | 17.03.2024 | FC Ingolstadt 04 | - | SC Verl | 0:1 | ||||
| 31. Spieltag | 30.03.2024 | SpVgg Unterhaching | - | FC Ingolstadt 04 | 0:3 | |
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| 32. Spieltag | 05.04.2024 | FC Ingolstadt 04 | - | Arminia Bielefeld | 1:1 | |
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| 33. Spieltag | 13.04.2024 | Borussia Dortmund II | - | FC Ingolstadt 04 | 1:1 | ||||
| 34. Spieltag | 20.04.2024 | FC Ingolstadt 04 | - | MSV Duisburg | 2:0 | ||||
| 35. Spieltag | 28.04.2024 | Rot-Weiss Essen | - | FC Ingolstadt 04 | 4:0 | ||||
| 36. Spieltag | 05.05.2024 | FC Ingolstadt 04 | - | Waldhof Mannheim | 1:1 | |
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| 37. Spieltag | 11.05.2024 | FC Ingolstadt 04 | - | VfB Lübeck | 6:1 | |
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| 38. Spieltag | 18.05.2024 | SV Sandhausen | - | FC Ingolstadt 04 | 1:1 | |
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