# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 FC Memmingen, Deutschland FC Memmingen 2 2 0 0 5:1 4 6
2 Bayern München II, Deutschland Bayern München II 1 1 0 0 5:1 4 3
3 1. FC Schweinfurt 05, Deutschland 1. FC Schweinfurt 05 1 1 0 0 3:1 2 3
  SV Schalding-Heining, Deutschland SV Schalding-Heining 1 1 0 0 3:1 2 3
5 Wacker Burghausen, Deutschland Wacker Burghausen 1 1 0 0 2:1 1 3
6 SV Heimstetten, Deutschland SV Heimstetten 1 1 0 0 1:0 1 3
  TSV Buchbach, Deutschland TSV Buchbach 1 1 0 0 1:0 1 3
8 Viktoria Aschaffenburg, Deutschland Viktoria Aschaffenburg 1 0 1 0 2:2 0 1
9 VfB Eichstätt, Deutschland VfB Eichstätt 1 0 1 0 1:1 0 1
10 SpVgg Bayreuth, Deutschland SpVgg Bayreuth 0 0 0 0 0:0 0 0
11 SpVgg Greuther Fürth II, Deutschland SpVgg Greuther Fürth II 1 0 0 1 2:3 -1 0
  VfR Garching, Deutschland VfR Garching 1 0 0 1 2:3 -1 0
13 FC Augsburg II, Deutschland FC Augsburg II 1 0 0 1 1:2 -1 0
  FC Ingolstadt 04 II, Deutschland FC Ingolstadt 04 II 1 0 0 1 1:2 -1 0
15 1. FC Nürnberg II, Deutschland 1. FC Nürnberg II 1 0 0 1 0:1 -1 0
16 FV Illertissen, Deutschland FV Illertissen 1 0 0 1 1:3 -2 0
17 TSV 1860 Rosenheim, Deutschland TSV 1860 Rosenheim 1 0 0 1 0:3 -3 0
18 FC Pipinsried, Deutschland FC Pipinsried 1 0 0 1 1:5 -4 0
  Playoffs
  Relegation
  Abstieg

# Durch den Abstieg der Profimannschaft des FC Ingolstadt 04 in die 3. Liga wurde der FC Ingolstadt 04 II mit 0 Punkten an das Ende der Tabelle gesetzt. Die erspielten Ergebnisse behalten aber ihre Gültigkeit. Das Team lag am Ende der Saison eigentlich mit 45 Punkten auf dem neunten Tabellenplatz.