# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 SpVgg Greuther Fürth II, Deutschland SpVgg Greuther Fürth II 2 2 0 0 6:1 5 6
2 Bayern München II, Deutschland Bayern München II 2 2 0 0 4:0 4 6
3 SV Schalding-Heining, Deutschland SV Schalding-Heining 2 1 1 0 3:1 2 4
  Viktoria Aschaffenburg, Deutschland Viktoria Aschaffenburg 2 1 1 0 3:1 2 4
5 FC Ingolstadt 04 II, Deutschland FC Ingolstadt 04 II 2 1 1 0 2:1 1 4
  TSV Buchbach, Deutschland TSV Buchbach 2 1 1 0 2:1 1 4
7 FC Memmingen, Deutschland FC Memmingen 2 1 0 1 2:1 1 3
8 TSV 1860 Rosenheim, Deutschland TSV 1860 Rosenheim 2 1 0 1 2:2 0 3
9 SV Heimstetten, Deutschland SV Heimstetten 2 1 0 1 1:2 -1 3
  VfR Garching, Deutschland VfR Garching 2 1 0 1 1:2 -1 3
11 FC Pipinsried, Deutschland FC Pipinsried 2 1 0 1 1:4 -3 3
12 1. FC Schweinfurt 05, Deutschland 1. FC Schweinfurt 05 2 0 2 0 1:1 0 2
13 1. FC Nürnberg II, Deutschland 1. FC Nürnberg II 2 0 1 1 1:2 -1 1
  FC Augsburg II, Deutschland FC Augsburg II 2 0 1 1 1:2 -1 1
  FV Illertissen, Deutschland FV Illertissen 2 0 1 1 1:2 -1 1
16 VfB Eichstätt, Deutschland VfB Eichstätt 2 0 1 1 1:4 -3 1
17 Wacker Burghausen, Deutschland Wacker Burghausen 2 0 0 2 0:2 -2 0
18 SpVgg Bayreuth, Deutschland SpVgg Bayreuth 2 0 0 2 0:3 -3 0
  Playoffs
  Relegation
  Abstieg

# Durch den Abstieg der Profimannschaft des FC Ingolstadt 04 in die 3. Liga wurde der FC Ingolstadt 04 II mit 0 Punkten an das Ende der Tabelle gesetzt. Die erspielten Ergebnisse behalten aber ihre Gültigkeit. Das Team lag am Ende der Saison eigentlich mit 45 Punkten auf dem neunten Tabellenplatz.