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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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Bayern München II | 34 | 19 | 8 | 7 | 35:13 | 22 | 65 |
| 2 |
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1. FC Schweinfurt 05 | 34 | 17 | 10 | 7 | 30:16 | 14 | 61 |
| 3 |
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VfB Eichstätt | 34 | 16 | 12 | 6 | 29:15 | 14 | 60 |
| 4 |
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1. FC Nürnberg II | 34 | 15 | 14 | 5 | 26:12 | 14 | 59 |
| 5 |
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SpVgg Bayreuth | 34 | 13 | 12 | 9 | 22:17 | 5 | 51 |
| 6 |
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FC Memmingen | 34 | 14 | 9 | 11 | 29:25 | 4 | 51 |
| 7 |
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Wacker Burghausen | 34 | 13 | 11 | 10 | 24:19 | 5 | 50 |
| 8 |
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FC Ingolstadt 04 II | 34 | 12 | 9 | 13 | 25:23 | 2 | 45 |
| 9 |
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TSV 1860 Rosenheim | 34 | 9 | 15 | 10 | 17:16 | 1 | 42 |
| 10 |
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FC Augsburg II | 34 | 10 | 12 | 12 | 21:22 | -1 | 42 |
| 11 |
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SpVgg Greuther Fürth II | 34 | 10 | 10 | 14 | 19:23 | -4 | 40 |
| 12 |
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TSV Buchbach | 34 | 8 | 14 | 12 | 18:23 | -5 | 38 |
| 13 |
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SV Schalding-Heining | 34 | 6 | 19 | 9 | 15:22 | -7 | 37 |
| 14 |
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FV Illertissen | 34 | 9 | 10 | 15 | 24:36 | -12 | 37 |
| 15 |
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VfR Garching | 34 | 7 | 15 | 12 | 18:29 | -11 | 36 |
| 16 |
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SV Heimstetten | 34 | 7 | 14 | 13 | 15:29 | -14 | 35 |
| 17 |
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FC Pipinsried | 34 | 8 | 8 | 18 | 17:33 | -16 | 32 |
| 18 |
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Viktoria Aschaffenburg | 34 | 5 | 14 | 15 | 15:26 | -11 | 29 |
| Playoffs | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Durch den Abstieg der Profimannschaft des FC Ingolstadt 04 in die 3. Liga wurde der FC Ingolstadt 04 II mit 0 Punkten an das Ende der Tabelle gesetzt. Die erspielten Ergebnisse behalten aber ihre Gültigkeit. Das Team lag am Ende der Saison eigentlich mit 45 Punkten auf dem neunten Tabellenplatz. |
