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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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Bayern München II | 34 | 18 | 11 | 5 | 37:17 | 20 | 65 |
| 2 |
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VfB Eichstätt | 34 | 15 | 11 | 8 | 40:29 | 11 | 56 |
| 3 |
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TSV Buchbach | 34 | 15 | 10 | 9 | 34:25 | 9 | 55 |
| 4 |
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VfR Garching | 34 | 14 | 11 | 9 | 28:24 | 4 | 53 |
| 5 |
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FV Illertissen | 34 | 13 | 11 | 10 | 34:27 | 7 | 50 |
| 6 |
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FC Pipinsried | 34 | 14 | 7 | 13 | 29:36 | -7 | 49 |
| 7 |
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Viktoria Aschaffenburg | 34 | 12 | 11 | 11 | 32:28 | 4 | 47 |
| 8 |
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FC Ingolstadt 04 II | 34 | 11 | 11 | 12 | 28:25 | 3 | 44 |
| 9 |
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SpVgg Greuther Fürth II | 34 | 12 | 8 | 14 | 26:26 | 0 | 44 |
| 10 |
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1. FC Schweinfurt 05 | 34 | 10 | 14 | 10 | 25:27 | -2 | 44 |
| 11 |
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Wacker Burghausen | 34 | 10 | 13 | 11 | 26:22 | 4 | 43 |
| 12 |
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SV Heimstetten | 34 | 12 | 7 | 15 | 33:44 | -11 | 43 |
| 13 |
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FC Memmingen | 34 | 11 | 9 | 14 | 26:32 | -6 | 42 |
| 14 |
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1. FC Nürnberg II | 34 | 10 | 11 | 13 | 24:26 | -2 | 41 |
| 15 |
|
SpVgg Bayreuth | 34 | 10 | 10 | 14 | 29:30 | -1 | 40 |
| 16 |
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SV Schalding-Heining | 34 | 9 | 12 | 13 | 26:31 | -5 | 39 |
| 17 |
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FC Augsburg II | 34 | 7 | 13 | 14 | 22:28 | -6 | 34 |
| 18 |
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TSV 1860 Rosenheim | 34 | 8 | 10 | 16 | 20:42 | -22 | 34 |
| Playoffs | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Durch den Abstieg der Profimannschaft des FC Ingolstadt 04 in die 3. Liga wurde der FC Ingolstadt 04 II mit 0 Punkten an das Ende der Tabelle gesetzt. Die erspielten Ergebnisse behalten aber ihre Gültigkeit. Das Team lag am Ende der Saison eigentlich mit 45 Punkten auf dem neunten Tabellenplatz. |
