# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 Bayern München II, Deutschland Bayern München II 9 6 2 1 12:4 8 20
2 1. FC Schweinfurt 05, Deutschland 1. FC Schweinfurt 05 9 4 5 0 10:3 7 17
3 FC Memmingen, Deutschland FC Memmingen 9 5 2 2 13:7 6 17
4 1. FC Nürnberg II, Deutschland 1. FC Nürnberg II 9 4 4 1 11:3 8 16
5 VfB Eichstätt, Deutschland VfB Eichstätt 9 4 3 2 10:8 2 15
6 SpVgg Greuther Fürth II, Deutschland SpVgg Greuther Fürth II 9 4 2 3 9:6 3 14
7 TSV Buchbach, Deutschland TSV Buchbach 9 3 4 2 9:6 3 13
8 VfR Garching, Deutschland VfR Garching 9 4 1 4 9:10 -1 13
9 SV Heimstetten, Deutschland SV Heimstetten 9 4 1 4 8:10 -2 13
10 FC Pipinsried, Deutschland FC Pipinsried 9 3 3 3 6:10 -4 12
11 Viktoria Aschaffenburg, Deutschland Viktoria Aschaffenburg 9 3 2 4 7:7 0 11
12 FC Ingolstadt 04 II, Deutschland FC Ingolstadt 04 II 9 3 2 4 5:6 -1 11
13 SV Schalding-Heining, Deutschland SV Schalding-Heining 9 2 4 3 5:5 0 10
14 Wacker Burghausen, Deutschland Wacker Burghausen 9 2 4 3 4:6 -2 10
15 TSV 1860 Rosenheim, Deutschland TSV 1860 Rosenheim 9 2 2 5 5:15 -10 8
16 FC Augsburg II, Deutschland FC Augsburg II 9 1 4 4 5:9 -4 7
17 FV Illertissen, Deutschland FV Illertissen 9 0 6 3 2:6 -4 6
18 SpVgg Bayreuth, Deutschland SpVgg Bayreuth 9 1 1 7 2:11 -9 4
  Playoffs
  Relegation
  Abstieg

# Durch den Abstieg der Profimannschaft des FC Ingolstadt 04 in die 3. Liga wurde der FC Ingolstadt 04 II mit 0 Punkten an das Ende der Tabelle gesetzt. Die erspielten Ergebnisse behalten aber ihre Gültigkeit. Das Team lag am Ende der Saison eigentlich mit 45 Punkten auf dem neunten Tabellenplatz.