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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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Hessen Kassel | 17 | 13 | 1 | 3 | 44:13 | 31 | 40 |
| 2 |
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1. FC Heidenheim 1846 | 16 | 11 | 3 | 2 | 34:17 | 17 | 36 |
| 3 |
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SSV Ulm 1846 | 17 | 10 | 5 | 2 | 36:13 | 23 | 35 |
| 4 |
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SC Pfullendorf | 17 | 10 | 4 | 3 | 32:18 | 14 | 34 |
| 5 |
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Waldhof Mannheim | 16 | 10 | 3 | 3 | 26:14 | 12 | 33 |
| 6 |
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Eintracht Frankfurt II | 16 | 9 | 5 | 2 | 27:14 | 13 | 32 |
| 7 |
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1. FC Nürnberg II | 17 | 8 | 5 | 4 | 37:22 | 15 | 29 |
| 8 |
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1. FC Eintracht Bamberg | 17 | 8 | 3 | 6 | 22:21 | 1 | 27 |
| 9 |
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TSV 1860 München II | 17 | 7 | 5 | 5 | 26:19 | 7 | 26 |
| 10 |
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SpVgg Greuther Fürth II | 16 | 7 | 3 | 6 | 21:16 | 5 | 24 |
| 11 |
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SV Wehen Wiesbaden II | 17 | 7 | 3 | 7 | 19:17 | 2 | 24 |
| 12 |
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SC Freiburg II | 16 | 7 | 2 | 7 | 27:25 | 2 | 23 |
| 13 |
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SSV Reutlingen | 16 | 5 | 4 | 7 | 22:23 | -1 | 19 |
| 14 |
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Viktoria Aschaffenburg | 16 | 4 | 7 | 5 | 16:20 | -4 | 19 |
| 15 |
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Karlsruher SC II | 17 | 5 | 3 | 9 | 17:32 | -15 | 18 |
| 16 |
|
SV Darmstadt 98 | 16 | 3 | 8 | 5 | 20:26 | -6 | 17 |
| 17 |
|
TSV Großbardorf | 16 | 3 | 2 | 11 | 21:45 | -24 | 11 |
| 18 |
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SpVgg Unterhaching II | 17 | 1 | 3 | 13 | 12:35 | -23 | 6 |
| Aufstieg | |
| Abstieg |
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# Das Spiel Unterhaching II - 1860 II (25. Spieltag) wurde wegen des Einsatzes eines nicht spielberechtigten Spielers mit 0:2 gewertet. # Viktoria Aschaffenburg hat aus finanziellen Gründen keine Lizenz für die Saison 2009/2010 beantragt und steht damit als Absteiger fest. |
