Bei den Amateuren von Bayer Leverkusen machte Meyer sich schnell einen Namen und bestach durch sein engagiertes und gekonntes Defensivverhalten. 2003/2004 rückte er in den Profikader des Werksklubs auf, doch konnte kaum Spielpraxis in der Bundesliga sammeln.

2004/2005 einigte man sich auf Seiten Bayers mit dem MSV Duisburg auf ein zweijähriges Leihgeschäft, welches den Zebras ein junges Abwehrtalent für die linke Seite bescheren sollte.

Und es stellte sich schnell heraus, dass den Duisburgern ein echter Glücksgriff gelungen war. Meyer spielte sich schnell in die Stammelf und trug maßgeblich zum Aufstieg in die erste Bundesliga bei. Auch in dieser Saison demonstriert er seine Stärken und zeigt oft sein großes Potential.

Doch die guten Leistungen Meyers stellen auch einen Wermutstropfen für den Verein von der Wedau dar: Bayer Leverkusen hat starkes Interesse bekundet, den Spieler zur Spielzeit 06/07 wieder im eigenen Kader unterzubringen.

2002 wurde Meyer zum U19-Nationalspieler nominiert und nahm an der Europameisterschaft in Norwegen teil. Am Ende war er Vizeeuropameister und wurde aufgrund seiner glänzenden Leistungen zum Spieler des Turniers gekürt.