# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 SC Paderborn 07, Deutschland SC Paderborn 07 1 1 0 0 4:1 3 3
2 SpVgg Unterhaching, Deutschland SpVgg Unterhaching 1 1 0 0 3:0 3 3
3 Eintracht Braunschweig, Deutschland Eintracht Braunschweig 1 1 0 0 2:0 2 3
  Wacker Burghausen, Deutschland Wacker Burghausen 1 1 0 0 2:0 2 3
5 Bayern München II, Deutschland Bayern München II 1 1 0 0 2:1 1 3
  VfR Aalen, Deutschland VfR Aalen 1 1 0 0 2:1 1 3
7 Dynamo Dresden, Deutschland Dynamo Dresden 1 1 0 0 1:0 1 3
  Kickers Emden, Deutschland Kickers Emden 1 1 0 0 1:0 1 3
9 FC Carl Zeiss Jena, Deutschland FC Carl Zeiss Jena 1 0 1 0 2:2 0 1
  Jahn Regensburg, Deutschland Jahn Regensburg 1 0 1 0 2:2 0 1
11 Kickers Offenbach, Deutschland Kickers Offenbach 1 0 1 0 1:1 0 1
  VfB Stuttgart II, Deutschland VfB Stuttgart II 1 0 1 0 1:1 0 1
13 1. FC Union Berlin, Deutschland 1. FC Union Berlin 1 0 0 1 1:2 -1 0
  SV Sandhausen, Deutschland SV Sandhausen 1 0 0 1 1:2 -1 0
15 Rot-Weiß Erfurt, Deutschland Rot-Weiß Erfurt 1 0 0 1 0:1 -1 0
  Wuppertaler SV, Deutschland Wuppertaler SV 1 0 0 1 0:1 -1 0
17 Erzgebirge Aue, Deutschland Erzgebirge Aue 1 0 0 1 0:2 -2 0
18 Fortuna Düsseldorf, Deutschland Fortuna Düsseldorf 1 0 0 1 1:4 -3 0
19 Werder Bremen II, Deutschland Werder Bremen II 1 0 0 1 0:3 -3 0
20 Stuttgarter Kickers, Deutschland Stuttgarter Kickers 1 0 0 1 0:2 -2 -3
  Aufstieg
  Relegation
  Abstieg

# Den Stuttgarter Kickers wurden drei Punkte wegen eines nicht fristgerecht zurückgezahlten Darlehens aus dem DFB-Kautionsfond abgezogen.

# Kickers Emden hat die Lizenz für die Saison 2009/2010 zurückgezogen und steht somit als Absteiger fest. Infolgedessen hat Wacker Burghausen die Klasse gehalten.