# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 SC Paderborn 07, Deutschland SC Paderborn 07 10 7 0 3 22:16 6 21
2 Kickers Emden, Deutschland Kickers Emden 9 5 3 1 10:7 3 18
3 Fortuna Düsseldorf, Deutschland Fortuna Düsseldorf 9 5 0 4 13:5 8 15
4 1. FC Union Berlin, Deutschland 1. FC Union Berlin 9 4 3 2 12:9 3 15
5 VfB Stuttgart II, Deutschland VfB Stuttgart II 9 3 3 3 20:15 5 12
6 Bayern München II, Deutschland Bayern München II 9 2 6 1 11:9 2 12
7 FC Carl Zeiss Jena, Deutschland FC Carl Zeiss Jena 9 3 2 4 11:10 1 11
8 Erzgebirge Aue, Deutschland Erzgebirge Aue 9 3 2 4 16:16 0 11
9 SV Sandhausen, Deutschland SV Sandhausen 9 2 4 3 13:17 -4 10
10 SpVgg Unterhaching, Deutschland SpVgg Unterhaching 9 2 3 4 10:20 -10 9
11 Rot-Weiß Erfurt, Deutschland Rot-Weiß Erfurt 9 2 2 5 7:11 -4 8
12 Dynamo Dresden, Deutschland Dynamo Dresden 9 2 2 5 5:9 -4 8
13 Eintracht Braunschweig, Deutschland Eintracht Braunschweig 9 2 2 5 7:13 -6 8
14 VfR Aalen, Deutschland VfR Aalen 9 1 5 3 7:16 -9 8
15 Kickers Offenbach, Deutschland Kickers Offenbach 9 1 4 4 7:12 -5 7
16 Jahn Regensburg, Deutschland Jahn Regensburg 9 1 4 4 8:17 -9 7
17 Wuppertaler SV, Deutschland Wuppertaler SV 9 1 3 5 4:10 -6 6
18 Wacker Burghausen, Deutschland Wacker Burghausen 8 1 3 4 9:17 -8 6
19 Stuttgarter Kickers, Deutschland Stuttgarter Kickers 9 0 4 5 11:22 -11 4
20 Werder Bremen II, Deutschland Werder Bremen II 9 0 2 7 6:16 -10 2
  Aufstieg
  Relegation
  Abstieg

# Den Stuttgarter Kickers wurden drei Punkte wegen eines nicht fristgerecht zurückgezahlten Darlehens aus dem DFB-Kautionsfond abgezogen.

# Kickers Emden hat die Lizenz für die Saison 2009/2010 zurückgezogen und steht somit als Absteiger fest. Infolgedessen hat Wacker Burghausen die Klasse gehalten.