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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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1. FC Union Berlin | 9 | 6 | 3 | 0 | 19:6 | 13 | 21 |
| 2 |
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SpVgg Unterhaching | 9 | 6 | 2 | 1 | 13:4 | 9 | 20 |
| 3 |
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Kickers Offenbach | 9 | 5 | 4 | 0 | 16:6 | 10 | 19 |
| 4 |
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Rot-Weiß Erfurt | 9 | 6 | 1 | 2 | 18:9 | 9 | 19 |
| 5 |
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Fortuna Düsseldorf | 9 | 5 | 3 | 1 | 15:9 | 6 | 18 |
| 6 |
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SC Paderborn 07 | 8 | 5 | 2 | 1 | 14:5 | 9 | 17 |
| 7 |
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Kickers Emden | 9 | 5 | 2 | 2 | 14:8 | 6 | 17 |
| 8 |
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Bayern München II | 9 | 4 | 5 | 0 | 13:9 | 4 | 17 |
| 9 |
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Eintracht Braunschweig | 9 | 4 | 3 | 2 | 16:7 | 9 | 15 |
| 10 |
|
SV Sandhausen | 9 | 4 | 2 | 3 | 16:9 | 7 | 14 |
| 11 |
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VfR Aalen | 9 | 3 | 5 | 1 | 8:5 | 3 | 14 |
| 12 |
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Wacker Burghausen | 10 | 4 | 1 | 5 | 15:18 | -3 | 13 |
| 13 |
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VfB Stuttgart II | 9 | 3 | 3 | 3 | 12:9 | 3 | 12 |
| 14 |
|
Wuppertaler SV | 9 | 3 | 3 | 3 | 14:16 | -2 | 12 |
| 15 |
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Erzgebirge Aue | 9 | 3 | 3 | 3 | 7:9 | -2 | 12 |
| 16 |
|
FC Carl Zeiss Jena | 9 | 2 | 4 | 3 | 11:18 | -7 | 10 |
| 17 |
|
Dynamo Dresden | 9 | 2 | 3 | 4 | 8:12 | -4 | 9 |
| 18 |
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Stuttgarter Kickers | 9 | 2 | 3 | 4 | 13:18 | -5 | 9 |
| 19 |
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Jahn Regensburg | 9 | 2 | 3 | 4 | 8:13 | -5 | 9 |
| 20 |
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Werder Bremen II | 9 | 2 | 2 | 5 | 17:19 | -2 | 8 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Den Stuttgarter Kickers wurden drei Punkte wegen eines nicht fristgerecht zurückgezahlten Darlehens aus dem DFB-Kautionsfond abgezogen. # Kickers Emden hat die Lizenz für die Saison 2009/2010 zurückgezogen und steht somit als Absteiger fest. Infolgedessen hat Wacker Burghausen die Klasse gehalten. |
