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| 16.05.2009 | 13:30 | VfB Stuttgart II | - | Bayern München II | 2:2 (1:1) | |
| 13:30 | Kickers Offenbach | - | Kickers Emden | 0:0 (0:0) | ||
| 13:30 | Wuppertaler SV | - | Erzgebirge Aue | 1:0 (1:0) | ||
| 13:30 | Dynamo Dresden | - | Jahn Regensburg | 3:1 (0:0) | ||
| 13:30 | Eintracht Braunschweig | - | SV Sandhausen | 3:3 (1:2) | ||
| 13:30 | FC Carl Zeiss Jena | - | SpVgg Unterhaching | 4:3 (3:2) | ||
| 13:30 | VfR Aalen | - | Fortuna Düsseldorf | 1:2 (1:1) | ||
| 13:30 | Werder Bremen II | - | Stuttgarter Kickers | 2:0 (0:0) | ||
| 13:30 | SC Paderborn 07 | - | Wacker Burghausen | 6:0 (4:0) | ||
| 13:45 | 1. FC Union Berlin | - | Rot-Weiß Erfurt | 1:1 (1:1) |
| » Tabelle | Heim | Auswärts | Hinrunde | Rückrunde | 1. Halbzeit | 2. Halbzeit |
| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
1. FC Union Berlin | 37 | 22 | 12 | 3 | 57:20 | 37 | 78 |
| 2 |
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Fortuna Düsseldorf | 37 | 19 | 9 | 9 | 53:33 | 20 | 66 |
| 3 |
|
SC Paderborn 07 | 37 | 19 | 8 | 10 | 65:38 | 27 | 65 |
| 4 |
|
SpVgg Unterhaching | 37 | 19 | 7 | 11 | 55:45 | 10 | 64 |
| 5 |
|
Bayern München II | 37 | 14 | 16 | 7 | 53:37 | 16 | 58 |
| 6 |
|
Kickers Emden | 37 | 15 | 11 | 11 | 42:42 | 0 | 56 |
| 7 |
|
Kickers Offenbach | 37 | 12 | 15 | 10 | 39:34 | 5 | 51 |
| 8 |
|
VfB Stuttgart II | 37 | 13 | 10 | 14 | 60:48 | 12 | 49 |
| 9 |
|
SV Sandhausen | 37 | 12 | 13 | 12 | 56:50 | 6 | 49 |
| 10 |
|
Dynamo Dresden | 37 | 13 | 10 | 14 | 45:45 | 0 | 49 |
| 11 |
|
Rot-Weiß Erfurt | 37 | 13 | 10 | 14 | 44:46 | -2 | 49 |
| 12 |
|
Erzgebirge Aue | 37 | 12 | 11 | 14 | 42:42 | 0 | 47 |
| 13 |
|
Eintracht Braunschweig | 37 | 12 | 9 | 16 | 46:49 | -3 | 45 |
| 14 |
|
Wuppertaler SV | 37 | 11 | 11 | 15 | 34:43 | -9 | 44 |
| 15 |
|
Jahn Regensburg | 37 | 10 | 12 | 15 | 35:51 | -16 | 42 |
| 16 |
|
Werder Bremen II | 37 | 10 | 10 | 17 | 49:57 | -8 | 40 |
| 17 |
|
FC Carl Zeiss Jena | 37 | 10 | 10 | 17 | 39:57 | -18 | 40 |
| 18 |
|
VfR Aalen | 37 | 8 | 15 | 14 | 37:58 | -21 | 39 |
| 19 |
|
Wacker Burghausen | 37 | 9 | 10 | 18 | 38:64 | -26 | 37 |
| 20 |
|
Stuttgarter Kickers | 37 | 7 | 11 | 19 | 38:68 | -30 | 29 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Den Stuttgarter Kickers wurden drei Punkte wegen eines nicht fristgerecht zurückgezahlten Darlehens aus dem DFB-Kautionsfond abgezogen. # Kickers Emden hat die Lizenz für die Saison 2009/2010 zurückgezogen und steht somit als Absteiger fest. Infolgedessen hat Wacker Burghausen die Klasse gehalten. |
