# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 1. FC Union Berlin, Deutschland 1. FC Union Berlin 38 22 12 4 59:23 36 78
2 Fortuna Düsseldorf, Deutschland Fortuna Düsseldorf 38 20 9 9 54:33 21 69
3 SC Paderborn 07, Deutschland SC Paderborn 07 38 20 8 10 68:38 30 68
4 SpVgg Unterhaching, Deutschland SpVgg Unterhaching 38 20 7 11 57:46 11 67
5 Bayern München II, Deutschland Bayern München II 38 14 17 7 54:38 16 59
6 Kickers Emden, Deutschland Kickers Emden 38 16 11 11 45:44 1 59
7 Kickers Offenbach, Deutschland Kickers Offenbach 38 12 16 10 40:35 5 52
8 SV Sandhausen, Deutschland SV Sandhausen 38 12 14 12 58:52 6 50
9 Dynamo Dresden, Deutschland Dynamo Dresden 38 13 11 14 46:46 0 50
10 Rot-Weiß Erfurt, Deutschland Rot-Weiß Erfurt 38 13 11 14 46:48 -2 50
11 VfB Stuttgart II, Deutschland VfB Stuttgart II 38 13 10 15 61:50 11 49
12 Erzgebirge Aue, Deutschland Erzgebirge Aue 38 12 12 14 43:43 0 48
13 Eintracht Braunschweig, Deutschland Eintracht Braunschweig 38 12 9 17 46:51 -5 45
14 Wuppertaler SV, Deutschland Wuppertaler SV 38 11 12 15 36:45 -9 45
15 Jahn Regensburg, Deutschland Jahn Regensburg 38 11 12 15 37:51 -14 45
16 FC Carl Zeiss Jena, Deutschland FC Carl Zeiss Jena 38 10 11 17 41:59 -18 41
17 Werder Bremen II, Deutschland Werder Bremen II 38 10 10 18 49:58 -9 40
18 Wacker Burghausen, Deutschland Wacker Burghausen 38 10 10 18 40:65 -25 40
19 VfR Aalen, Deutschland VfR Aalen 38 8 15 15 38:60 -22 39
20 Stuttgarter Kickers, Deutschland Stuttgarter Kickers 38 7 11 20 38:71 -33 29
  Aufstieg
  Relegation
  Abstieg

# Den Stuttgarter Kickers wurden drei Punkte wegen eines nicht fristgerecht zurückgezahlten Darlehens aus dem DFB-Kautionsfond abgezogen.

# Kickers Emden hat die Lizenz für die Saison 2009/2010 zurückgezogen und steht somit als Absteiger fest. Infolgedessen hat Wacker Burghausen die Klasse gehalten.