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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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1. FC Union Berlin | 38 | 19 | 17 | 2 | 37:11 | 26 | 74 |
| 2 |
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Fortuna Düsseldorf | 38 | 19 | 11 | 8 | 33:17 | 16 | 68 |
| 3 |
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Bayern München II | 38 | 15 | 15 | 8 | 37:20 | 17 | 60 |
| 4 |
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SC Paderborn 07 | 38 | 15 | 15 | 8 | 36:22 | 14 | 60 |
| 5 |
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Dynamo Dresden | 38 | 13 | 15 | 10 | 26:20 | 6 | 54 |
| 6 |
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Kickers Offenbach | 38 | 12 | 17 | 9 | 26:20 | 6 | 53 |
| 7 |
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Rot-Weiß Erfurt | 38 | 12 | 14 | 12 | 23:26 | -3 | 50 |
| 8 |
|
Jahn Regensburg | 38 | 12 | 14 | 12 | 25:30 | -5 | 50 |
| 9 |
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SV Sandhausen | 38 | 11 | 16 | 11 | 33:34 | -1 | 49 |
| 10 |
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Erzgebirge Aue | 38 | 11 | 15 | 12 | 24:23 | 1 | 48 |
| 11 |
|
VfB Stuttgart II | 38 | 12 | 12 | 14 | 31:31 | 0 | 48 |
| 12 |
|
Eintracht Braunschweig | 38 | 11 | 15 | 12 | 22:26 | -4 | 48 |
| 13 |
|
SpVgg Unterhaching | 38 | 10 | 17 | 11 | 24:27 | -3 | 47 |
| 14 |
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FC Carl Zeiss Jena | 38 | 11 | 13 | 14 | 29:30 | -1 | 46 |
| 15 |
|
Wuppertaler SV | 38 | 7 | 21 | 10 | 16:23 | -7 | 42 |
| 16 |
|
Kickers Emden | 38 | 9 | 15 | 14 | 21:32 | -11 | 42 |
| 17 |
|
Wacker Burghausen | 38 | 9 | 14 | 15 | 27:38 | -11 | 41 |
| 18 |
|
Werder Bremen II | 38 | 8 | 15 | 15 | 25:32 | -7 | 39 |
| 19 |
|
VfR Aalen | 38 | 7 | 17 | 14 | 22:33 | -11 | 38 |
| 20 |
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Stuttgarter Kickers | 38 | 7 | 12 | 19 | 21:43 | -22 | 33 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Den Stuttgarter Kickers wurden drei Punkte wegen eines nicht fristgerecht zurückgezahlten Darlehens aus dem DFB-Kautionsfond abgezogen. # Kickers Emden hat die Lizenz für die Saison 2009/2010 zurückgezogen und steht somit als Absteiger fest. Infolgedessen hat Wacker Burghausen die Klasse gehalten. |
