1. Spieltag 07.08.2009 FC St. Pauli - Rot Weiss Ahlen 2:1
2. Spieltag 17.08.2009 Alemannia Aachen - FC St. Pauli 0:5
3. Spieltag 22.08.2009 FC St. Pauli - MSV Duisburg 2:2
4. Spieltag 28.08.2009 Karlsruher SC - FC St. Pauli 0:4
5. Spieltag 13.09.2009 FSV Frankfurt - FC St. Pauli 2:3
6. Spieltag 20.09.2009 FC St. Pauli - 1. FC Kaiserslautern 1:2
7. Spieltag 26.09.2009 Arminia Bielefeld - FC St. Pauli 1:0
10. Spieltag 25.10.2009 FC St. Pauli - Energie Cottbus 1:1
11. Spieltag 02.11.2009 Hansa Rostock - FC St. Pauli 0:2
12. Spieltag 06.11.2009 FC St. Pauli - Fortuna Düsseldorf 2:1 gelbe Karte
13. Spieltag 22.11.2009 FC Augsburg - FC St. Pauli 3:2 gelbe Karte
16. Spieltag 13.12.2009 FC St. Pauli - SpVgg Greuther Fürth 2:2
17. Spieltag 20.12.2009 SC Paderborn 07 - FC St. Pauli 2:1
18. Spieltag 16.01.2010 Rot Weiss Ahlen - FC St. Pauli 0:2
19. Spieltag 23.01.2010 FC St. Pauli - Alemannia Aachen 1:0
21. Spieltag 05.02.2010 FC St. Pauli - Karlsruher SC 2:1
24. Spieltag 28.02.2010 FC St. Pauli - Arminia Bielefeld 0:1
25. Spieltag 07.03.2010 TSV 1860 München - FC St. Pauli 2:1 gelbe Karte
26. Spieltag 14.03.2010 FC St. Pauli - Rot-Weiß Oberhausen 5:3 Tor
27. Spieltag 19.03.2010 Energie Cottbus - FC St. Pauli 0:1
28. Spieltag 28.03.2010 FC St. Pauli - Hansa Rostock 2:0 rote Karte
30. Spieltag 12.04.2010 FC St. Pauli - FC Augsburg 3:0
31. Spieltag 17.04.2010 1. FC Union Berlin - FC St. Pauli 2:1
32. Spieltag 23.04.2010 FC St. Pauli - TuS Koblenz 6:1
33. Spieltag 02.05.2010 SpVgg Greuther Fürth - FC St. Pauli 1:4
34. Spieltag 09.05.2010 FC St. Pauli - SC Paderborn 07 1:2