| 1. Spieltag | 16.08.2008 | Hansa Rostock II | - | Türkiyemspor Berlin | 3:1 |  |
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| 2. Spieltag | 22.08.2008 | VfL Wolfsburg II | - | Hansa Rostock II | 3:0 | |
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| 3. Spieltag | 30.08.2008 | Hansa Rostock II | - | FC Oberneuland | 1:0 | ||||
| 4. Spieltag | 12.09.2008 | VFC Plauen | - | Hansa Rostock II | 2:0 | |
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| 5. Spieltag | 21.09.2008 | Hansa Rostock II | - | Chemnitzer FC | 0:4 | ||||
| 7. Spieltag | 04.10.2008 | Hansa Rostock II | - | Hannover 96 II | 1:4 | ||||
| 8. Spieltag | 18.10.2008 | VfB Lübeck | - | Hansa Rostock II | 3:3 | |
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| 9. Spieltag | 25.10.2008 | Hansa Rostock II | - | Holstein Kiel | 3:1 | |
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| 10. Spieltag | 29.10.2008 | SV Wilhelmshaven | - | Hansa Rostock II | 2:0 | ||||
| 11. Spieltag | 01.11.2008 | Hansa Rostock II | - | SV Babelsberg 03 | 1:1 | |
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| 12. Spieltag | 09.11.2008 | 1. FC Magdeburg | - | Hansa Rostock II | 2:1 | ||||
| 13. Spieltag | 15.11.2008 | Hansa Rostock II | - | Hallescher FC | 0:1 | ||||
| 14. Spieltag | 22.11.2008 | Energie Cottbus II | - | Hansa Rostock II | 1:8 | |
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| 21. Spieltag | 07.03.2009 | Hansa Rostock II | - | VFC Plauen | 2:0 | ||||
| 22. Spieltag | 14.03.2009 | Chemnitzer FC | - | Hansa Rostock II | 2:0 |
Deutschland