| 1. Spieltag | 13.08.2006 | Eintracht Braunschweig | - | SC Paderborn 07 | 0:0 | ||||
| 2. Spieltag | 20.08.2006 | SC Paderborn 07 | - | FC Augsburg | 1:0 | ||||
| 3. Spieltag | 27.08.2006 | 1. FC Kaiserslautern | - | SC Paderborn 07 | 2:0 | ||||
| 4. Spieltag | 17.09.2006 | SC Paderborn 07 | - | Kickers Offenbach | 2:1 | ||||
| 5. Spieltag | 24.09.2006 | FC Carl Zeiss Jena | - | SC Paderborn 07 | 1:1 |  |
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| 6. Spieltag | 29.09.2006 | SC Paderborn 07 | - | 1. FC Köln | 2:0 | ||||
| 7. Spieltag | 15.10.2006 | SC Paderborn 07 | - | TuS Koblenz | 1:2 | ||||
| 8. Spieltag | 22.10.2006 | Rot-Weiss Essen | - | SC Paderborn 07 | 2:2 |  |
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| 9. Spieltag | 29.10.2006 | SC Paderborn 07 | - | SpVgg Unterhaching | 2:0 | |
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| 10. Spieltag | 03.11.2006 | Karlsruher SC | - | SC Paderborn 07 | 3:0 | |
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| 11. Spieltag | 07.11.2006 | SC Paderborn 07 | - | Hansa Rostock | 0:2 | ||||
| 12. Spieltag | 10.11.2006 | TSV 1860 München | - | SC Paderborn 07 | 1:0 | ||||
| 13. Spieltag | 19.11.2006 | SC Paderborn 07 | - | SpVgg Greuther Fürth | 0:0 | ||||
| 14. Spieltag | 26.11.2006 | Erzgebirge Aue | - | SC Paderborn 07 | 1:0 | ||||
| 15. Spieltag | 01.12.2006 | SC Paderborn 07 | - | SC Freiburg | 1:1 | ||||
| 32. Spieltag | 04.05.2007 | SC Freiburg | - | SC Paderborn 07 | 0:1 |
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