| 1. Spieltag | 21.09.2020 | VfL Bochum | - | FC St. Pauli | 2:2 | ||||
| 2. Spieltag | 27.09.2020 | FC St. Pauli | - | 1. FC Heidenheim 1846 | 4:2 | ||||
| 3. Spieltag | 02.10.2020 | SV Sandhausen | - | FC St. Pauli | 1:0 | ||||
| 4. Spieltag | 19.10.2020 | FC St. Pauli | - | 1. FC Nürnberg | 2:2 | ||||
| 5. Spieltag | 24.10.2020 | SV Darmstadt 98 | - | FC St. Pauli | 2:2 | ||||
| 6. Spieltag | 30.10.2020 | Hamburger SV | - | FC St. Pauli | 2:2 | ||||
| 7. Spieltag | 08.11.2020 | FC St. Pauli | - | Karlsruher SC | 0:3 | ||||
| 8. Spieltag | 21.11.2020 | SC Paderborn 07 | - | FC St. Pauli | 2:0 | ||||
| 9. Spieltag | 27.11.2020 | FC St. Pauli | - | VfL Osnabrück | 0:1 | ||||
| 11. Spieltag | 13.12.2020 | FC St. Pauli | - | Erzgebirge Aue | 2:2 |  |
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| 13. Spieltag | 20.12.2020 | FC St. Pauli | - | Fortuna Düsseldorf | 0:3 | ||||
| 14. Spieltag | 03.01.2021 | SpVgg Greuther Fürth | - | FC St. Pauli | 2:1 | |
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| 12. Spieltag | 06.01.2021 | Würzburger Kickers | - | FC St. Pauli | 1:1 |  |
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| 27. Spieltag | 05.04.2021 | FC St. Pauli | - | Eintracht Braunschweig | 2:0 |
Deutschland