9. Spieltag 27.10.2006 FC Carl Zeiss Jena - TuS Koblenz 2:0
10. Spieltag 03.11.2006 Hansa Rostock - FC Carl Zeiss Jena 1:1
11. Spieltag 08.11.2006 FC Carl Zeiss Jena - SpVgg Greuther Fürth 1:1 gelbe Karte
12. Spieltag 12.11.2006 Erzgebirge Aue - FC Carl Zeiss Jena 5:1
13. Spieltag 17.11.2006 FC Carl Zeiss Jena - SC Freiburg 2:1
14. Spieltag 24.11.2006 MSV Duisburg - FC Carl Zeiss Jena 4:0
15. Spieltag 03.12.2006 FC Carl Zeiss Jena - Wacker Burghausen 0:2
16. Spieltag 08.12.2006 1. FC Kaiserslautern - FC Carl Zeiss Jena 0:0
18. Spieltag 19.01.2007 FC Carl Zeiss Jena - Kickers Offenbach 2:3
19. Spieltag 26.01.2007 Eintracht Braunschweig - FC Carl Zeiss Jena 1:0
20. Spieltag 04.02.2007 1. FC Köln - FC Carl Zeiss Jena 1:0 gelbe Karte
21. Spieltag 11.02.2007 FC Carl Zeiss Jena - Rot-Weiss Essen 2:0
22. Spieltag 18.02.2007 SC Paderborn 07 - FC Carl Zeiss Jena 0:1
23. Spieltag 23.02.2007 FC Carl Zeiss Jena - TSV 1860 München 3:1
24. Spieltag 02.03.2007 SpVgg Unterhaching - FC Carl Zeiss Jena 2:0
25. Spieltag 11.03.2007 FC Carl Zeiss Jena - Karlsruher SC 1:3
26. Spieltag 16.03.2007 TuS Koblenz - FC Carl Zeiss Jena 0:0
27. Spieltag 30.03.2007 FC Carl Zeiss Jena - Hansa Rostock 1:2
28. Spieltag 08.04.2007 SpVgg Greuther Fürth - FC Carl Zeiss Jena 2:0
29. Spieltag 16.04.2007 FC Carl Zeiss Jena - Erzgebirge Aue 2:1 gelbe Karte
30. Spieltag 22.04.2007 SC Freiburg - FC Carl Zeiss Jena 1:3
31. Spieltag 27.04.2007 FC Carl Zeiss Jena - MSV Duisburg 3:3
32. Spieltag 06.05.2007 Wacker Burghausen - FC Carl Zeiss Jena 1:1
33. Spieltag 13.05.2007 FC Carl Zeiss Jena - 1. FC Kaiserslautern 1:1 gelbe Karte