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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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Bayern München II | 31 | 18 | 8 | 5 | 34:11 | 23 | 62 |
| 2 |
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VfB Eichstätt | 31 | 15 | 11 | 5 | 27:13 | 14 | 56 |
| 3 |
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1. FC Schweinfurt 05 | 31 | 15 | 10 | 6 | 28:15 | 13 | 55 |
| 4 |
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1. FC Nürnberg II | 31 | 14 | 12 | 5 | 23:10 | 13 | 54 |
| 5 |
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SpVgg Bayreuth | 31 | 13 | 11 | 7 | 22:15 | 7 | 50 |
| 6 |
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Wacker Burghausen | 31 | 12 | 9 | 10 | 23:19 | 4 | 45 |
| 7 |
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FC Memmingen | 31 | 12 | 9 | 10 | 26:23 | 3 | 45 |
| 8 |
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FC Ingolstadt 04 II | 31 | 10 | 9 | 12 | 20:22 | -2 | 39 |
| 9 |
|
SpVgg Greuther Fürth II | 31 | 9 | 10 | 12 | 18:21 | -3 | 37 |
| 10 |
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FV Illertissen | 31 | 9 | 10 | 12 | 24:32 | -8 | 37 |
| 11 |
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TSV 1860 Rosenheim | 31 | 7 | 14 | 10 | 15:16 | -1 | 35 |
| 12 |
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VfR Garching | 31 | 7 | 14 | 10 | 17:24 | -7 | 35 |
| 13 |
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FC Augsburg II | 31 | 7 | 12 | 12 | 17:22 | -5 | 33 |
| 14 |
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SV Schalding-Heining | 31 | 5 | 18 | 8 | 12:19 | -7 | 33 |
| 15 |
|
TSV Buchbach | 31 | 6 | 13 | 12 | 14:22 | -8 | 31 |
| 16 |
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SV Heimstetten | 31 | 6 | 13 | 12 | 13:25 | -12 | 31 |
| 17 |
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FC Pipinsried | 31 | 8 | 7 | 16 | 17:31 | -14 | 31 |
| 18 |
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Viktoria Aschaffenburg | 31 | 5 | 12 | 14 | 13:23 | -10 | 27 |
| Playoffs | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Durch den Abstieg der Profimannschaft des FC Ingolstadt 04 in die 3. Liga wurde der FC Ingolstadt 04 II mit 0 Punkten an das Ende der Tabelle gesetzt. Die erspielten Ergebnisse behalten aber ihre Gültigkeit. Das Team lag am Ende der Saison eigentlich mit 45 Punkten auf dem neunten Tabellenplatz. |
