# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 Bayern München II, Deutschland Bayern München II 31 16 10 5 33:15 18 58
2 TSV Buchbach, Deutschland TSV Buchbach 31 14 10 7 33:18 15 52
3 VfB Eichstätt, Deutschland VfB Eichstätt 31 14 10 7 37:26 11 52
4 VfR Garching, Deutschland VfR Garching 31 13 9 9 25:24 1 48
5 FV Illertissen, Deutschland FV Illertissen 31 11 10 10 25:24 1 43
6 FC Pipinsried, Deutschland FC Pipinsried 31 12 7 12 25:34 -9 43
7 SV Heimstetten, Deutschland SV Heimstetten 31 12 6 13 32:35 -3 42
8 1. FC Nürnberg II, Deutschland 1. FC Nürnberg II 31 10 11 10 24:22 2 41
9 1. FC Schweinfurt 05, Deutschland 1. FC Schweinfurt 05 31 9 14 8 23:24 -1 41
10 Viktoria Aschaffenburg, Deutschland Viktoria Aschaffenburg 31 10 10 11 30:28 2 40
11 SpVgg Greuther Fürth II, Deutschland SpVgg Greuther Fürth II 31 11 7 13 24:24 0 40
12 SV Schalding-Heining, Deutschland SV Schalding-Heining 31 9 12 10 25:25 0 39
13 FC Memmingen, Deutschland FC Memmingen 31 10 9 12 23:27 -4 39
14 Wacker Burghausen, Deutschland Wacker Burghausen 31 9 11 11 21:19 2 38
15 SpVgg Bayreuth, Deutschland SpVgg Bayreuth 31 9 10 12 24:26 -2 37
16 FC Ingolstadt 04 II, Deutschland FC Ingolstadt 04 II 31 9 10 12 21:25 -4 37
17 FC Augsburg II, Deutschland FC Augsburg II 31 6 12 13 19:26 -7 30
18 TSV 1860 Rosenheim, Deutschland TSV 1860 Rosenheim 31 6 10 15 15:37 -22 28
  Playoffs
  Relegation
  Abstieg

# Durch den Abstieg der Profimannschaft des FC Ingolstadt 04 in die 3. Liga wurde der FC Ingolstadt 04 II mit 0 Punkten an das Ende der Tabelle gesetzt. Die erspielten Ergebnisse behalten aber ihre Gültigkeit. Das Team lag am Ende der Saison eigentlich mit 45 Punkten auf dem neunten Tabellenplatz.