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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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Bayern München II | 33 | 18 | 10 | 5 | 36:16 | 20 | 64 |
| 2 |
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TSV Buchbach | 33 | 15 | 10 | 8 | 34:22 | 12 | 55 |
| 3 |
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VfB Eichstätt | 33 | 14 | 11 | 8 | 39:29 | 10 | 53 |
| 4 |
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VfR Garching | 33 | 13 | 11 | 9 | 25:24 | 1 | 50 |
| 5 |
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FV Illertissen | 33 | 13 | 10 | 10 | 33:26 | 7 | 49 |
| 6 |
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FC Pipinsried | 33 | 14 | 7 | 12 | 28:34 | -6 | 49 |
| 7 |
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Viktoria Aschaffenburg | 33 | 11 | 11 | 11 | 31:28 | 3 | 44 |
| 8 |
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FC Ingolstadt 04 II | 33 | 11 | 10 | 12 | 28:25 | 3 | 43 |
| 9 |
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SpVgg Greuther Fürth II | 33 | 12 | 7 | 14 | 26:26 | 0 | 43 |
| 10 |
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Wacker Burghausen | 33 | 10 | 12 | 11 | 25:21 | 4 | 42 |
| 11 |
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SV Heimstetten | 33 | 12 | 6 | 15 | 32:43 | -11 | 42 |
| 12 |
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1. FC Nürnberg II | 33 | 10 | 11 | 12 | 24:25 | -1 | 41 |
| 13 |
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1. FC Schweinfurt 05 | 33 | 9 | 14 | 10 | 23:26 | -3 | 41 |
| 14 |
|
SpVgg Bayreuth | 33 | 10 | 10 | 13 | 29:29 | 0 | 40 |
| 15 |
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SV Schalding-Heining | 33 | 9 | 12 | 12 | 26:28 | -2 | 39 |
| 16 |
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FC Memmingen | 33 | 10 | 9 | 14 | 23:32 | -9 | 39 |
| 17 |
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FC Augsburg II | 33 | 7 | 13 | 13 | 22:27 | -5 | 34 |
| 18 |
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TSV 1860 Rosenheim | 33 | 7 | 10 | 16 | 19:42 | -23 | 31 |
| Playoffs | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Durch den Abstieg der Profimannschaft des FC Ingolstadt 04 in die 3. Liga wurde der FC Ingolstadt 04 II mit 0 Punkten an das Ende der Tabelle gesetzt. Die erspielten Ergebnisse behalten aber ihre Gültigkeit. Das Team lag am Ende der Saison eigentlich mit 45 Punkten auf dem neunten Tabellenplatz. |
