2. Spieltag 17.08.2009 Alemannia Aachen - FC St. Pauli 0:5
3. Spieltag 22.08.2009 FC St. Pauli - MSV Duisburg 2:2 Tor gelb-rote Karte
5. Spieltag 13.09.2009 FSV Frankfurt - FC St. Pauli 2:3 Tor
6. Spieltag 20.09.2009 FC St. Pauli - 1. FC Kaiserslautern 1:2
7. Spieltag 26.09.2009 Arminia Bielefeld - FC St. Pauli 1:0
8. Spieltag 04.10.2009 FC St. Pauli - TSV 1860 München 3:1
9. Spieltag 16.10.2009 Rot-Weiß Oberhausen - FC St. Pauli 1:3
10. Spieltag 25.10.2009 FC St. Pauli - Energie Cottbus 1:1
12. Spieltag 06.11.2009 FC St. Pauli - Fortuna Düsseldorf 2:1
13. Spieltag 22.11.2009 FC Augsburg - FC St. Pauli 3:2
14. Spieltag 29.11.2009 FC St. Pauli - 1. FC Union Berlin 3:0
15. Spieltag 05.12.2009 TuS Koblenz - FC St. Pauli 1:5
16. Spieltag 13.12.2009 FC St. Pauli - SpVgg Greuther Fürth 2:2 Tor
17. Spieltag 20.12.2009 SC Paderborn 07 - FC St. Pauli 2:1
18. Spieltag 16.01.2010 Rot Weiss Ahlen - FC St. Pauli 0:2
20. Spieltag 29.01.2010 MSV Duisburg - FC St. Pauli 0:2
21. Spieltag 05.02.2010 FC St. Pauli - Karlsruher SC 2:1
22. Spieltag 12.02.2010 FC St. Pauli - FSV Frankfurt 0:0
23. Spieltag 22.02.2010 1. FC Kaiserslautern - FC St. Pauli 3:0
24. Spieltag 28.02.2010 FC St. Pauli - Arminia Bielefeld 0:1
25. Spieltag 07.03.2010 TSV 1860 München - FC St. Pauli 2:1
27. Spieltag 19.03.2010 Energie Cottbus - FC St. Pauli 0:1 Tor
28. Spieltag 28.03.2010 FC St. Pauli - Hansa Rostock 2:0
29. Spieltag 05.04.2010 Fortuna Düsseldorf - FC St. Pauli 1:0 gelbe Karte
30. Spieltag 12.04.2010 FC St. Pauli - FC Augsburg 3:0
31. Spieltag 17.04.2010 1. FC Union Berlin - FC St. Pauli 2:1 Tor
32. Spieltag 23.04.2010 FC St. Pauli - TuS Koblenz 6:1 TorTor
33. Spieltag 02.05.2010 SpVgg Greuther Fürth - FC St. Pauli 1:4 Tor
34. Spieltag 09.05.2010 FC St. Pauli - SC Paderborn 07 1:2