# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 VfL Osnabrück, Deutschland VfL Osnabrück 12 7 3 2 20:10 10 24
2 Karlsruher SC, Deutschland Karlsruher SC 11 6 3 2 18:9 9 21
3 Preußen Münster, Deutschland Preußen Münster 12 6 3 3 18:10 8 21
4 VfB Stuttgart II, Deutschland VfB Stuttgart II 12 5 5 2 19:11 8 20
5 SpVgg Unterhaching, Deutschland SpVgg Unterhaching 11 5 4 2 12:8 4 19
6 Arminia Bielefeld, Deutschland Arminia Bielefeld 11 5 3 3 19:16 3 18
7 1. FC Heidenheim 1846, Deutschland 1. FC Heidenheim 1846 12 5 2 5 18:18 0 17
8 SV Wehen Wiesbaden, Deutschland SV Wehen Wiesbaden 12 1 9 2 16:19 -3 12
9 Hansa Rostock, Deutschland Hansa Rostock 12 3 3 6 11:19 -8 12
10 Hallescher FC, Deutschland Hallescher FC 12 3 3 6 8:17 -9 12
11 1. FC Saarbrücken, Deutschland 1. FC Saarbrücken 11 4 0 7 9:22 -13 12
12 Stuttgarter Kickers, Deutschland Stuttgarter Kickers 11 3 2 6 13:14 -1 11
13 Chemnitzer FC, Deutschland Chemnitzer FC 12 2 5 5 13:16 -3 11
14 Alemannia Aachen, Deutschland Alemannia Aachen 11 2 4 5 8:13 -5 10
15 Kickers Offenbach, Deutschland Kickers Offenbach 11 2 3 6 13:16 -3 9
16 Wacker Burghausen, Deutschland Wacker Burghausen 11 3 0 8 11:21 -10 9
17 Rot-Weiß Erfurt, Deutschland Rot-Weiß Erfurt 11 2 2 7 10:19 -9 8
18 Borussia Dortmund II, Deutschland Borussia Dortmund II 11 2 2 7 12:26 -14 8
19 SV Babelsberg 03, Deutschland SV Babelsberg 03 12 1 3 8 8:22 -14 6
20 SV Darmstadt 98, Deutschland SV Darmstadt 98 12 0 5 7 9:22 -13 5
  Aufstieg
  Relegation
  Abstieg
  Abstieg

# Nach Beendigung der Saison werden Alemannia Aachen und Kickers Offenbach aufgrund von Verstößen im Rahmen des wirtschaftlichen Zulassungsverfahrens jeweils 2 Punkte abgezogen.

# Alemannia Aachen wurde zudem aufgrund der nicht fristgerechten Rückzahlung von 200.000 Euro aus dem DFB-Kautionsfond mit einem Abzug von weiteren drei Punkten bestraft.

# Kickers Offenbach wurde vom DFB die Lizenz für die Drittligasaison 2013/2014 verweigert. Dem SV Darmstadt 98 blieb infolgedessen der Abstieg in die Regionalliga erspart.