# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 Arminia Bielefeld, Deutschland Arminia Bielefeld 15 10 4 1 27:9 18 34
2 Karlsruher SC, Deutschland Karlsruher SC 15 9 5 1 27:8 19 32
  Preußen Münster, Deutschland Preußen Münster 14 9 5 0 27:8 19 32
4 VfL Osnabrück, Deutschland VfL Osnabrück 14 9 3 2 24:10 14 30
5 1. FC Heidenheim 1846, Deutschland 1. FC Heidenheim 1846 14 9 3 2 30:18 12 30
6 Chemnitzer FC, Deutschland Chemnitzer FC 14 9 2 3 25:16 9 29
7 Wacker Burghausen, Deutschland Wacker Burghausen 15 8 4 3 23:14 9 28
8 SpVgg Unterhaching, Deutschland SpVgg Unterhaching 15 7 2 6 27:27 0 23
9 SV Babelsberg 03, Deutschland SV Babelsberg 03 14 6 4 4 13:12 1 22
10 Kickers Offenbach, Deutschland Kickers Offenbach 15 6 3 6 21:19 2 21
11 SV Wehen Wiesbaden, Deutschland SV Wehen Wiesbaden 14 5 6 3 16:14 2 21
12 Hansa Rostock, Deutschland Hansa Rostock 14 6 3 5 13:14 -1 21
13 Rot-Weiß Erfurt, Deutschland Rot-Weiß Erfurt 15 5 5 5 22:25 -3 20
14 Hallescher FC, Deutschland Hallescher FC 14 5 4 5 17:17 0 19
15 Borussia Dortmund II, Deutschland Borussia Dortmund II 15 4 7 4 15:18 -3 19
16 1. FC Saarbrücken, Deutschland 1. FC Saarbrücken 15 4 6 5 27:22 5 18
17 Stuttgarter Kickers, Deutschland Stuttgarter Kickers 15 4 5 6 15:14 1 17
18 SV Darmstadt 98, Deutschland SV Darmstadt 98 14 4 5 5 12:14 -2 17
19 Alemannia Aachen, Deutschland Alemannia Aachen 15 4 4 7 18:25 -7 16
20 VfB Stuttgart II, Deutschland VfB Stuttgart II 14 5 1 8 10:17 -7 16
  Aufstieg
  Relegation
  Abstieg
  Abstieg

# Nach Beendigung der Saison werden Alemannia Aachen und Kickers Offenbach aufgrund von Verstößen im Rahmen des wirtschaftlichen Zulassungsverfahrens jeweils 2 Punkte abgezogen.

# Alemannia Aachen wurde zudem aufgrund der nicht fristgerechten Rückzahlung von 200.000 Euro aus dem DFB-Kautionsfond mit einem Abzug von weiteren drei Punkten bestraft.

# Kickers Offenbach wurde vom DFB die Lizenz für die Drittligasaison 2013/2014 verweigert. Dem SV Darmstadt 98 blieb infolgedessen der Abstieg in die Regionalliga erspart.