1. Spieltag 15.08.2008 FC St. Pauli - VfL Osnabrück 2:2
2. Spieltag 22.08.2008 SpVgg Greuther Fürth - FC St. Pauli 5:2
3. Spieltag 31.08.2008 FC St. Pauli - Rot-Weiß Oberhausen 4:1
4. Spieltag 12.09.2008 1. FC Kaiserslautern - FC St. Pauli 4:1
5. Spieltag 19.09.2008 FC St. Pauli - TSV 1860 München 1:0
6. Spieltag 26.09.2008 Hansa Rostock - FC St. Pauli 3:0 gelbe Karte
7. Spieltag 05.10.2008 FC St. Pauli - Alemannia Aachen 3:2 Tor
8. Spieltag 19.10.2008 FC Augsburg - FC St. Pauli 3:2
9. Spieltag 24.10.2008 FC St. Pauli - SV Wehen Wiesbaden 2:0
10. Spieltag 29.10.2008 MSV Duisburg - FC St. Pauli 1:2
11. Spieltag 02.11.2008 FC St. Pauli - 1. FC Nürnberg 1:0
12. Spieltag 10.11.2008 SC Freiburg - FC St. Pauli 2:0
13. Spieltag 14.11.2008 FC St. Pauli - Rot Weiss Ahlen 2:2 gelbe Karte
14. Spieltag 23.11.2008 1. FSV Mainz 05 - FC St. Pauli 2:2 Tor gelbe Karte
15. Spieltag 30.11.2008 FC St. Pauli - FC Ingolstadt 04 1:0 Tor
16. Spieltag 07.12.2008 FC St. Pauli - TuS Koblenz 3:2 Tor
17. Spieltag 12.12.2008 FSV Frankfurt - FC St. Pauli 1:0 gelbe Karte
19. Spieltag 08.02.2009 FC St. Pauli - SpVgg Greuther Fürth 0:3
20. Spieltag 13.02.2009 Rot-Weiß Oberhausen - FC St. Pauli 3:2
21. Spieltag 23.02.2009 FC St. Pauli - 1. FC Kaiserslautern 2:0 Tor
22. Spieltag 01.03.2009 TSV 1860 München - FC St. Pauli 5:1
23. Spieltag 06.03.2009 FC St. Pauli - Hansa Rostock 3:2
24. Spieltag 15.03.2009 Alemannia Aachen - FC St. Pauli 1:3 Tor
25. Spieltag 22.03.2009 FC St. Pauli - FC Augsburg 1:1
26. Spieltag 05.04.2009 SV Wehen Wiesbaden - FC St. Pauli 3:1
27. Spieltag 12.04.2009 FC St. Pauli - MSV Duisburg 2:2 Tor gelbe Karte
29. Spieltag 24.04.2009 FC St. Pauli - SC Freiburg 1:2
30. Spieltag 03.05.2009 Rot Weiss Ahlen - FC St. Pauli 1:0
31. Spieltag 10.05.2009 FC St. Pauli - 1. FSV Mainz 05 2:0 TorTor
32. Spieltag 14.05.2009 FC Ingolstadt 04 - FC St. Pauli 0:1 Tor gelbe Karte
33. Spieltag 17.05.2009 TuS Koblenz - FC St. Pauli 2:1
34. Spieltag 24.05.2009 FC St. Pauli - FSV Frankfurt 2:0