| 23. Spieltag | 06.02.2010 | FC Carl Zeiss Jena | - | Erzgebirge Aue | 1:0 | ||||
| 25. Spieltag | 21.02.2010 | FC Carl Zeiss Jena | - | VfL Osnabrück | 1:1 | ||||
| 27. Spieltag | 10.03.2010 | FC Carl Zeiss Jena | - | Holstein Kiel | 3:0 | ||||
| 26. Spieltag | 17.03.2010 | Borussia Dortmund II | - | FC Carl Zeiss Jena | 0:3 |  |
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| 29. Spieltag | 20.03.2010 | FC Carl Zeiss Jena | - | Eintracht Braunschweig | 2:1 |  |
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| 24. Spieltag | 24.03.2010 | Rot-Weiß Erfurt | - | FC Carl Zeiss Jena | 0:3 | ||||
| 30. Spieltag | 28.03.2010 | Werder Bremen II | - | FC Carl Zeiss Jena | 1:2 | ||||
| 31. Spieltag | 31.03.2010 | FC Carl Zeiss Jena | - | Kickers Offenbach | 0:0 | ||||
| 32. Spieltag | 03.04.2010 | FC Ingolstadt 04 | - | FC Carl Zeiss Jena | 2:2 | |
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| 33. Spieltag | 10.04.2010 | FC Carl Zeiss Jena | - | SpVgg Unterhaching | 1:1 | |
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| 34. Spieltag | 13.04.2010 | FC Carl Zeiss Jena | - | Jahn Regensburg | 3:1 | |
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| 35. Spieltag | 17.04.2010 | Dynamo Dresden | - | FC Carl Zeiss Jena | 0:3 |  |
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| 37. Spieltag | 30.04.2010 | Wuppertaler SV | - | FC Carl Zeiss Jena | 1:1 | ||||
| 38. Spieltag | 08.05.2010 | FC Carl Zeiss Jena | - | VfB Stuttgart II | 1:2 |
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