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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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Bayern München II | 32 | 18 | 8 | 6 | 34:12 | 22 | 62 |
| 2 |
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VfB Eichstätt | 32 | 16 | 11 | 5 | 28:13 | 15 | 59 |
| 3 |
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1. FC Schweinfurt 05 | 32 | 16 | 10 | 6 | 29:15 | 14 | 58 |
| 4 |
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1. FC Nürnberg II | 32 | 14 | 13 | 5 | 23:10 | 13 | 55 |
| 5 |
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SpVgg Bayreuth | 32 | 13 | 11 | 8 | 22:16 | 6 | 50 |
| 6 |
|
FC Memmingen | 32 | 13 | 9 | 10 | 27:23 | 4 | 48 |
| 7 |
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Wacker Burghausen | 32 | 12 | 10 | 10 | 23:19 | 4 | 46 |
| 8 |
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FC Ingolstadt 04 II | 32 | 11 | 9 | 12 | 24:22 | 2 | 42 |
| 9 |
|
TSV 1860 Rosenheim | 32 | 8 | 14 | 10 | 16:16 | 0 | 38 |
| 10 |
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SpVgg Greuther Fürth II | 32 | 9 | 10 | 13 | 18:22 | -4 | 37 |
| 11 |
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FV Illertissen | 32 | 9 | 10 | 13 | 24:33 | -9 | 37 |
| 12 |
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FC Augsburg II | 32 | 8 | 12 | 12 | 18:22 | -4 | 36 |
| 13 |
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VfR Garching | 32 | 7 | 15 | 10 | 18:25 | -7 | 36 |
| 14 |
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SV Schalding-Heining | 32 | 5 | 19 | 8 | 13:20 | -7 | 34 |
| 15 |
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TSV Buchbach | 32 | 6 | 14 | 12 | 15:23 | -8 | 32 |
| 16 |
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FC Pipinsried | 32 | 8 | 7 | 17 | 17:32 | -15 | 31 |
| 17 |
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SV Heimstetten | 32 | 6 | 13 | 13 | 13:29 | -16 | 31 |
| 18 |
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Viktoria Aschaffenburg | 32 | 5 | 13 | 14 | 14:24 | -10 | 28 |
| Playoffs | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Durch den Abstieg der Profimannschaft des FC Ingolstadt 04 in die 3. Liga wurde der FC Ingolstadt 04 II mit 0 Punkten an das Ende der Tabelle gesetzt. Die erspielten Ergebnisse behalten aber ihre Gültigkeit. Das Team lag am Ende der Saison eigentlich mit 45 Punkten auf dem neunten Tabellenplatz. |
