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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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Bayern München II | 32 | 17 | 10 | 5 | 34:15 | 19 | 61 |
| 2 |
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TSV Buchbach | 32 | 15 | 10 | 7 | 34:18 | 16 | 55 |
| 3 |
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VfB Eichstätt | 32 | 14 | 10 | 8 | 37:27 | 10 | 52 |
| 4 |
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VfR Garching | 32 | 13 | 10 | 9 | 25:24 | 1 | 49 |
| 5 |
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FV Illertissen | 32 | 12 | 10 | 10 | 29:26 | 3 | 46 |
| 6 |
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FC Pipinsried | 32 | 13 | 7 | 12 | 26:34 | -8 | 46 |
| 7 |
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SpVgg Greuther Fürth II | 32 | 12 | 7 | 13 | 25:24 | 1 | 43 |
| 8 |
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SV Heimstetten | 32 | 12 | 6 | 14 | 32:41 | -9 | 42 |
| 9 |
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Wacker Burghausen | 32 | 10 | 11 | 11 | 23:19 | 4 | 41 |
| 10 |
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Viktoria Aschaffenburg | 32 | 10 | 11 | 11 | 30:28 | 2 | 41 |
| 11 |
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1. FC Nürnberg II | 32 | 10 | 11 | 11 | 24:24 | 0 | 41 |
| 12 |
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1. FC Schweinfurt 05 | 32 | 9 | 14 | 9 | 23:25 | -2 | 41 |
| 13 |
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FC Ingolstadt 04 II | 32 | 10 | 10 | 12 | 27:25 | 2 | 40 |
| 14 |
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SV Schalding-Heining | 32 | 9 | 12 | 11 | 25:26 | -1 | 39 |
| 15 |
|
FC Memmingen | 32 | 10 | 9 | 13 | 23:28 | -5 | 39 |
| 16 |
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SpVgg Bayreuth | 32 | 9 | 10 | 13 | 25:29 | -4 | 37 |
| 17 |
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FC Augsburg II | 32 | 7 | 12 | 13 | 22:27 | -5 | 33 |
| 18 |
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TSV 1860 Rosenheim | 32 | 6 | 10 | 16 | 17:41 | -24 | 28 |
| Playoffs | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Durch den Abstieg der Profimannschaft des FC Ingolstadt 04 in die 3. Liga wurde der FC Ingolstadt 04 II mit 0 Punkten an das Ende der Tabelle gesetzt. Die erspielten Ergebnisse behalten aber ihre Gültigkeit. Das Team lag am Ende der Saison eigentlich mit 45 Punkten auf dem neunten Tabellenplatz. |
