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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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Eintracht Braunschweig | 16 | 9 | 3 | 4 | 16:5 | 11 | 30 |
| 2 |
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Hertha BSC | 16 | 8 | 5 | 3 | 20:10 | 10 | 29 |
| 3 |
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SC Paderborn 07 | 16 | 6 | 7 | 3 | 16:11 | 5 | 25 |
| 4 |
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Energie Cottbus | 16 | 6 | 7 | 3 | 12:10 | 2 | 25 |
| 5 |
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FSV Frankfurt | 16 | 6 | 6 | 4 | 14:11 | 3 | 24 |
| 6 |
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VfR Aalen | 16 | 6 | 6 | 4 | 11:8 | 3 | 24 |
| 7 |
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1. FC Kaiserslautern | 16 | 4 | 11 | 1 | 15:11 | 4 | 23 |
| 8 |
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TSV 1860 München | 16 | 5 | 8 | 3 | 9:8 | 1 | 23 |
| 9 |
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FC St. Pauli | 16 | 5 | 7 | 4 | 13:9 | 4 | 22 |
| 10 |
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VfL Bochum | 16 | 6 | 4 | 6 | 13:15 | -2 | 22 |
| 11 |
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Erzgebirge Aue | 16 | 6 | 3 | 7 | 11:13 | -2 | 21 |
| 12 |
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MSV Duisburg | 16 | 5 | 5 | 6 | 8:16 | -8 | 20 |
| 13 |
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FC Ingolstadt 04 | 16 | 5 | 4 | 7 | 13:13 | 0 | 19 |
| 14 |
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1. FC Köln | 16 | 4 | 7 | 5 | 11:11 | 0 | 19 |
| 15 |
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1. FC Union Berlin | 16 | 4 | 5 | 7 | 12:15 | -3 | 17 |
| 16 |
|
Jahn Regensburg | 16 | 4 | 3 | 9 | 9:19 | -10 | 15 |
| 17 |
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SV Sandhausen | 16 | 3 | 4 | 9 | 9:18 | -9 | 13 |
| 18 |
|
Dynamo Dresden | 16 | 1 | 7 | 8 | 5:14 | -9 | 10 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Am 19.6. wurde endgültig entschieden, dass der MSV Duisburg keine Lizenz für die Zweitligasaison 2013/2014 erhält. Der sportlich abgestiegene SV Sandhausen bleibt damit eine weitere Saison in der 2. Bundesliga. |
